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但除了國號之外，朱元璋不願意再保留任何明教的痕跡。在他著名的即位詔書和北伐檄文中沒有體現明教的教義。而在後來的官方歷史書寫中，朱元璋及其政權及明教組織的關係也被小心翼翼地描述為暫時的屈從和相互利用。更加戲劇性的是，朱元璋在即位後第三年下詔禁止一切“旁門左道”：白蓮宗，彌勒宗和天鷹教等明教支派都被當作荒誕的異端邪說遭到禁止。儘管朱元璋竭力和明教拉開距離，但是正如史密斯教授所說：“朱元璋，不管其承認與否，骨子裡都是一個明教徒。即使在他放棄明教信仰後很久，他的許多殘酷的政治舉措仍然要從早年的宗教生活中找到原因。他對人民行為控制的嚴厲，對官員貪腐的恐怖懲處，對臣僚絕對忠誠的要求，對奢華生活方式的擯棄，無不滲透著明教教義的影響。他一生都在為了締造一個純潔的光明世界而奮鬥。這使得他所統治的時代比起之前和之後的許多時代都更為怪異地遠離中國傳統的社會形態。”（《明教史研究》，劍橋，1998，第45頁）在68年的北伐攻勢後，烏哈噶圖汗和他的朝廷倉促地退守漠北，但是仍然宣稱自己是全中國的皇帝。這不能不引起朱元璋的憤怒，他急不可耐地命令史官修撰了《元史》，並送給烏哈噶圖汗“恭順的皇帝”這樣一個侮辱性的稱號。與此同時，統一中國的戰爭仍在繼續著。元帝國的殘部並未像朱元璋所設想的那樣恭順歸降，在擴廓的幾次反擊下，它倖存了下來，並歷經種種變遷一直儲存到十七世紀，才臣服在滿洲征服者的腳下。但除此之外，中國的其他部分都順利地併入明帝國的版圖，只有在攻打四川的明夏政權時，遭到了一些阻力。
在明玉珍死後，他的兒子明升繼任為有名無實的明教教主，並拒絕了朱元璋招降的建議。
1371年五月，朱元璋派遣傅友德從陝西直搗成都，與此同時，廖永忠從揚子江率艦隊進攻重慶。他們遭到最後一批虔誠明教徒的頑強抵抗，傷亡慘重。但最後，明升和他的教眾們向重慶江面的廖永忠艦隊投降。廖永忠的過分得意讓他做出了皇帝所未曾料想的舉動，他狂妄地宣佈明教就此終結，並吐露了十三年前朱元璋殺害張無忌的秘密。這個驚人的訊息，儘管已經失去了時效性，仍然迅速傳播開來。雖然在十三年後，已經沒有人敢於公開反對新皇帝的權威。但將士們仍然對皇帝曾經犯下的罪行感到不安。朱元璋當然矢口否認這一切，他處死了吐露機密的廖永忠，並安撫其他的將軍們，但他們之中的大多數人都在此後十多年中以各種罪名被殺害。四散人也遭到了清洗而紛紛離開南京，不知所蹤。據說說不得曾經在皇宮牆外留下一首意味深長的諷刺詩：“大千世界浩茫茫，收拾都將一袋藏。畢竟有收還有散，放寬些子也何妨。”
張三丰本人已經在1369年去世，在他死前，終於看到了蒙古人被驅逐出中國本土。但他的繼承者現在被另一個問題所困擾。1373年，俞蓮舟和一批武當的武術家們闖入南京的皇宮，再一次和朱元璋會面。武當方面要求朱元璋就張無忌之死做出解釋，否則就要殺死他。
朱元璋沒有解釋，而是寫下了一個奇怪的短語：“天下”（Under Sky）。武術家們沉默了片刻，隨即離開了皇宮。第二年，俞蓮舟宣佈退休，將掌門的職位傳給了俞岱巖的學生谷虛子，這標誌著武當成為了一個完全意義上的出世門派。新上臺的武當領導人和張無忌之間關係已經極為疏遠，不可能再為他報仇。在剩下的三個世紀中，武當和南京與北京的帝國政府之間，保持了長久的和平狀態。
如果武當曾經對朱元璋進行報復的話，唯一的報復則發生在十五世紀初的靖難戰爭時期，朱元璋的孫子建文皇帝——他對於祖父發家的事蹟並不熟悉——在戰爭瀕臨失敗時向武當求助。武當拒絕了他。此後，作為勝利者的朱棣出於對武當的感激或愧疚，在武當山修建了規模宏大的道觀。武當與明皇室自此後變得相當友好，以至於在清朝取代明朝後，武當成為地下抵抗組織的重要力量之一。
但對於感到被欺騙的明教徒來說，沒有什麼約束能夠阻止他們向篡位者復仇。在朱元璋宣佈禁止明教後，大大小小的“明王”再度興起，要推翻虛偽的明朝，重新建立真正的光明世界。然而曠日持久的反元戰爭已經耗盡了民眾對起義的興趣，他們渴望安定的環境。這些小規模的暴動很快被撲滅。在明教與重新穩定下來的江湖主導勢力之間的鴻溝越來越大。在幾代人的時間裡，十四世紀中期的攜手合作就被遺忘，明教的殘餘再度被視為邪惡的“魔教”
而遭到憎恨。
在明升以後，明教
