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中醫陰陽是一個大概念，而且是個系統性的概念，可分為陰系統概念和陽系統概念。中醫在劃分這兩個系統概念的時候，隱隱約約有一條主線。凡是與人體解剖生理系統對應的、相關的都可以陰名之，凡是與人體藏象生理系統對應的、相關的都可以陽名之。
按照這條線索，我們再回頭看中醫紛亂的“陰陽”，它們似乎也變得好理解了。
第一、從生命的結構上來劃分。每個人都是由解剖生理系統和藏象生命系統組合成的“共生體”，故“人生有形，不離陰陽。”
解剖生理系統是有形的，即為可證的，而藏象系統則是無形的不可證的。《內經》將有形的解剖生理稱之為陰，而將無形的藏象稱之為陽，例如，《陰陽應象大論》中就十分明確將陰釋義為解剖形體，“陽化氣，陰成形”，這裡的“形”指的就是形體，即是解剖生理系統。“陽化氣”則是無形的，因為藏象食氣。
印度《六問奧義書》中有句更為明白的表述：“惟太陽為生命，唯太陰為原質。凡此一切有形體無形體者，皆原質也。故原質既開體。”
第二、從能量來源劃分。人體的兩個生理系統，各自需要不同的能量來維護。解剖形體需要“味”，而藏象則需要“氣”， 《六節藏象論》曰：“天食人以五氣，地食人以五味。”指明兩個系統的能量來源不同。《素問•；生氣通天論》更明確記載說：“陰之所生，本在五味……”意思是說：解剖生理系統透過攝取食物中的營養存活。《陰陽應象大論》從另外一個角度來闡述陰與味的關係，它說：“陽為氣，陰為味。味歸形，形歸氣，氣歸精，精歸化。”其中“味歸形”一句說得很直白，可以理解為：食物為解剖生理系統所必須，或者說形體從食物中提取能量。
同樣的道理，中醫將藏象系統透過經絡直接從宇宙空間得來的能量名為“陽”，也稱為先天之精，它化生陽氣。而將從人體解剖系統（脾胃）轉化而來的能量統稱為“陰”，也稱為後天之精，它化生陰氣、陰血，《五常政大論》曰：“陰氣內化，陽氣外榮。”
第三、從人體與宇宙來劃分。人的兩個生理系統與宇宙空間都有密切的關係，但性質很不相同。解剖系統與大氣以下的地球環境關係密切，這個環境提供了它所需要的一切，如水、空氣及各種營養成分。因此中醫裡，地球環境為陰，“天為陽，地為陰”。
《外星人就在月球背面》108
人體的藏象系統與地球之外的宇宙空間關係密切，它所需要的一切能量都最終來自遙遠的星空，故而地球以外的空間環境為陽。因此藏象系統隨地球的執行而執行，《生氣通天論》曰：“故陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉。”
第四、從疾病的來源劃分。請注意，中國的疾病理論不是站在解剖生理系統的角度，而是站在藏象生命系統的角度來論述，因此，有了陰病和陽病的區分。但不論是陰病還是陽病，指的都是藏象系統的疾病，而不是解剖系統疾病。如此劃分，是為了標明疾病的兩個來源。
源於解剖系統而最終影響到藏象系統的疾病稱為陰病，例如，《太陰陽明論》曰：“食飲不節，起居不時者，陰受之。”意思是：飲食沒有節制，起居黑白巔倒、房事過度，都會損害解剖生理系統的健康，最後影響到藏象生命體。《調經論》在講到疾病時也說：“其生於陰者，得之飲食居處。”《靈樞•；百病始生》曰：“喜怒不節則傷髒，髒傷則病起於陰。”
而由於藏象系統本身原因而引發的疾病稱為陽病，因為藏象系統與宇宙空間風寒暑溼燥火熱六氣關係密切，它透過經絡可以直接侵入藏象系統，故而陽病都來自身體以外，即是指我們地球以外的宇宙空間，故言“其生於陽者，得之風雨寒暑”。
《調經論》曰：“其生於陽者，得之風雨寒暑。”
《太陰陽明論》曰：“故犯賊風虛邪者，陽受之。”
《脈要精微論》曰：“故中惡風者，陽氣受也。”
《太陰陽明論》曰：“故犯賊風虛邪者，陽受之……陽受之則入六腑。”
第五、從藏象組織結構劃分。《素問•；金匱真言論》曰：“言人身之腑臟中陰陽，則髒者為陰，腑者為陽。肝心脾肺腎五臟皆為陰，膽胃大腸小腸膀胱三焦六腑皆為陽。”這裡談到的是藏象本身的組織劃分，換言之，五藏之經絡為陰，六腑之經絡為陽。五藏受精於脾，脾化精於解剖系統的胃，胃得味於地球環境，故五藏為陰。六腑
