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都必須要經過陛下御批，團級以下軍隊的調動和團級以下軍官的升遷、任免交由軍機院下屬職司負責。軍機院設軍機大臣一人，由皇帝陛下親自兼任，另設軍機副大臣七人協助皇帝署理軍機院大小軍務，其下設軍隊調防司、軍隊作訓部、戰爭動員司、戰爭指揮部、後勤保障部、軍人軍職軍銜管理部、軍人思想政治部七個部門，每名副軍機大臣負責一個部門，每部設部長或司長一人，副職兩人，下屬司職機構和官員視具體情況而定。
都察院，下設左右督御史、左右副督御史、左右僉督御使、再往下設若干行省監察御史，分管每個行省的檢查工作。都御史既為都察院之長官，對監察御史負有領導和考核之權責。左都御史帶領左副都御使、左僉督御使督查朝廷和地方官員，而右都御使轄右副都御使、右僉督御使及若干監察御史監督內部！”
聽到這裡眾官員們都算是明白了，這新成立的朝廷政治體系，各部門內部互相合作但又互相牽制，權利並沒有集中在某一個人的手上。權利最大的是皇帝，例如國務院內，六個副總理大臣既要互相合作協助總理大臣管理六部政務。又互相牽制，而總理大臣下面有六個副總理大臣。這些人肯定並非和總理大臣一條心，因此總理大臣也不能做到大權獨攬，皇帝只要一句話，總理大臣就得下課走人。就連都察院內部也一樣，左派的御使負責監察朝廷和地方行省的官員，而右派負責監督左派，不過左派的左都御使又是都察院老大，右派的人想整他的人也不是那麼容易。雙方可謂互相制約。
費爾頓站出來問道：“陛下，既然有了軍機院，為什麼還要在國務院下屬的六部中設立一個兵部呢？兵部和軍機院的職能是否有些重疊？”
秦東道：“沒有重疊的地方，國務院六部當中的兵部只是負責選用地方駐防武官、管理士兵軍官的軍籍、軍械的製造、軍令制定，兵部除了受國務院管轄之外，還要受到軍機院的管轄，屬於雙重管理，所以兵部在運轉時，官員還需與軍機院溝通，秘書官。接下來繼續說九卿”。
“是，陛下！”秘書官接著道：“諸位大人和將軍，皇帝陛下以下除了三院六部之外。還設有九卿，分別是太常寺、光祿寺、衛尉寺、宗正寺、太僕寺、大理寺、鴻臚寺、司農寺、太府寺，每寺有寺卿一人！”
佩特烏斯問道：“只不知這些部門都是幹什麼的？有什麼職能？”
秘書官道：“太常寺設卿一人，少卿二人，丞二人，掌禮樂、郊廟、社稷之事，總郊社、太樂、鼓吹、太醫、太卜、廩犧、諸祠廟等署，太常寺經常要與吏部合作溝通。
光祿寺設卿、少卿、丞、主簿各一人。卿掌祭祀、朝會、宴鄉酒醴膳羞之事，修其儲備而謹其出納之政。少卿為之貳，丞參領之。
衛尉寺設卿一人。；少卿二人；丞二人，主簿二人。有府六人，史十一人，亭長四人，掌固六人錄事一人。掌宮門警衛、器械文物，總武庫、武器、守宮三署。兵器入者，皆籍其名數。祭祀、朝會，則供羽儀、節鉞、金鼓，帷帟、茵席。丞，掌判寺事，辨器械出納之數。大事承製敕，小事則聽於國務院。轄下有武器署、守宮署，武器署主要是管宮廷宿衛之兵器數目。
太僕寺，設寺卿一人，屬官有太僕寺少卿2人，太僕寺丞四人，太僕寺員外郎，太僕寺主事，太僕寺主簿等職。掌皇帝車馬、廄牧之令，總乘黃、典廄、典牧、車府四署及諸監牧。少卿為之貳，丞參領之。國有大禮，供其輦輅、屬車，前期戒有司教閱象馬。凡儀仗既陳，則巡視其行列。后妃、親王、公主、執政官應給車乘者，視品秩而頒之。總國之馬政，籍京都坊監、畿甸牧地畜馬之數，謹其飼養，察其治療，考蕃息損耗之實，而定其賞罰焉，死則斂其尾、筋革入於官府。凡閱馬，差次其高下，應給賜則如格。歲終鉤覆帳籍，以上駕部。若有事於南北郊，侍中請降輿升輅，則卿授綏。舊置判寺事一人。以朝官以上充。
宗正寺，設卿、少卿、丞、主簿各一人。掌皇帝族親屬籍，以別昭穆；領陵臺、宗玄二署。
大理寺設寺卿一人，少卿二人。丞四人，主簿六人，掌司直六人，評事十有二人，主簿二人。卿掌折獄、詳刑、鞫讞之事。同職務分左右：天下奏劾命官、將校及大辟囚以下以疑請讞者，隸左斷刑，則司直、評事詳斷，丞議之，正審之。若在京百司事當推，或特旨委勘及系官之物應追究者，隸右治獄，則丞專推鞫。蓋少卿分領其事，而卿總焉。凡刑獄應審議者，上刑部。被旨推鞫及情犯重者，卿同所隸官請封奏裁。若獄空或斷絕，則御史按實以聞。分案十有一，置吏
