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士卒衣糧薪水之類，充牣其中，無乃太狹乎？便中仍望見教。（書牘一《又與薊遼總管譚二華》）
關於薊鎮軍糧之事，他又說過：
僕近訪得薊鎮軍糧，有關支於一二百里之外者，士卒甚以為苦。夫以數口之家，仰給於一石之粟，支放不時，鬥斛不足，而又使之候支於數百里之外，往返道路，僱倩負戴，費將誰出？是名雖一石，其實不過八九鬥止矣！況近日又有“撫賞”、“採柴”等項名色，頗出其中，如是欲士皆飽食，折衝禦侮，能乎？聞舊制，各區隨在皆有倉口，該官守支。今各倉廒或頗圯壞，而其制猶有，其官猶在，獨不可並廒修理，就近坐派乎？此事不必疏請，但與管糧郎中一計處可也。（書牘一《與薊遼督撫》）
大致因為居正和譚綸關係較深，所以對於薊遼方面的書牘特多；但是對於宣大方面，他並沒有忽略，所以又說：
近來邊臣，人思奮勵，而宣、大二鎮，督撫將領，尤為得人。僕以淺薄，謬膺重寄，其於該鎮之事，苦心積慮，雖寢食未嘗忘也。奈何人心不同，議論不一，如馬、趙二帥去歲出塞之功，實數年僅見，即破格優賚，豈足為過？而人猶有議其功微賞厚者！本兵遂慉縮疑畏，而不敢為之主，其掩春防之功，抑王公之請，鹹以是耳！一、二年來，言者率雲“責實，責實”矣，而又不明賞罰以勵之，則人孰肯冒死犯難，為國家用哉？辱教，容與本兵議之。督、撫寬洪持重，王公明達敏練，馬之沈勇，趙之才氣，皆僕素所敬信者。文武輯睦，事乃克濟，不知雲中事體，得如宣鎮否也？（書牘一《與薊鎮巡撫》）
督、撫指宣大總督陳其學，宣府巡撫王遴，馬、趙指宣府總兵馬芳，大同總兵趙岢。本兵即兵部尚書霍冀，“慉縮疑畏”，當然是他一貫的作風。隆慶二年以來，國防的重任，都落在居正底肩頭。也許他想到幾個分擔責任的大臣，但是時機還早，一切還得等待。
隆慶二年十二月，廢遼王憲【火節】。本來隆慶元年，御史陳省彈劾憲【火節】，詔令削去清微忠教真人名號，事情還很簡單。二年巡按御史郜光先再劾憲【火節】十三罪，穆宗派刑部侍郎洪朝選徹查。憲【火節】倘是崇通道教的，不妨等待皇天上帝底保佑，但是他來不及等待，也不敢相信洪侍郎底徹查，有什麼有利的報告。現在他是四十四歲的人了，但是他還年青，他愛遊戲，愛女人，一切的生活，久已戲劇化了，也許他想起《竇娥冤血灑旛竿》這一類的雜劇。“管他呢，”他想，“不妨試一試。”他樹起一面白旗，寫著“訟冤之纛”四個大字。這一來事情便不簡單了。按察副使施篤臣正在江陵，認定遼王造反，立刻調軍遣將，五百個兵士，整整把遼王府圍住，直待刑部侍郎底光臨。“訟冤”不成，惹上造反的大冤，據說篤臣平時和遼王不和，所以趁此陷害。
造反要有造反底氣魄，也要有造反底佈置。憲【火節】只是一個貴族的無賴，他底佈置也只有一面白旗，這是什麼造反呢？洪朝選一看便明白了，在他底復奏裡，他指實憲【火節】淫酗暴虐，甚至也指實憲【火節】僭擬不法，但是他沒有說到憲【火節】造反。朝選只把事實奏明，伏候皇上底聖裁。詔書降下了，憲【火節】廢為庶人，禁錮高牆，同時廢遼王，所有遼府諸宗，一概改屬楚王管轄，由廣元王管理遼府事。這件大案解決以後，大家都指目居正。居正還記得他底祖父張鎮底死吧，處分也太嚴厲了一點。三十一年以前的預言沒有錯，憲【火節】終於給居正牽著鼻子走！但是事情還不止這樣。萬曆十年，居正死了；憲【火節】底次妃王氏還在，她看到御史羊可立正在追論居正，於是出面訟冤，指實居正公報私仇，成為居正身後抄家的張本。經過這個挫折以後，議論更多了。有的說居正因為羨慕遼府壯麗，所以陷害遼王。有的又說居正因為洪朝選不肯誣報遼王造反，所以萬曆八年吩咐福建巡撫勞堪，陷害朝選，朝選下獄，絕了三天飲食，死在獄中。一切只是傳說，不可盡信。康熙十二年，居正曾孫同奎進京，請求刪正，《明史·張居正傳》底記載因此修正了，但是《遼王傳》、（《明史》卷一一七）《孫瑋傳》，（《明史》卷二四一）還留下不可磨滅的敘述。從嘉靖十六年起到乾隆四年《明史》完成為止，首尾二百零三年，這一件公案還沒有確定。倘使毛妃看到這老遠的將來，也許她在兩個十三歲的孩子中間，不種下這樣的禍根。
隆慶三年的幾件大事：第一，趙貞吉入閣；第二，大閱；第三，高拱再入閣。
貞吉、內江人，和南充人陳以勤同鄉，但是科名卻早了兩科，他是嘉靖十四年進士，所以不但二十六年的
