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在這個情形之下，居正沒有再辭的理由，他只有重行出來輔理國事。居正對於政治，有自己底理想和抱負；政權是貫徹這個理想和抱負的工具，他決不輕易放棄政權。在他認定神宗對於自己的信任，不但沒有動搖，而且更加堅定的時候，他慨然地說；
夫事推求諸理之至當，心豈必於人之盡知。況臣區區之愚，既特孚於昭鑑，則諸呶呶之口，誠無足為重輕。謹當仰體聖懷，益殫赤悃，冰霜自保，雖嫌怨以奚辭，社稷是圖，何髮膚之敢惜。（奏疏四《謝恩疏》）
政權在自己手中，居正準備繼續貫徹自己底主張。“你們諒解也好，不諒解也好，我底行為，自然有我底標準，”他想。
神宗說起對於劉臺，自有祖宗法度，果然派文書官邱得用，口傳聖旨：“劉臺這廝，讒言亂政，著打一百充軍，擬票來行。”擬旨是內閣底職務，但是交付廷杖，究竟有些困難。居正具疏論救，其結果劉臺免去廷杖，只得“除名為民”的處分。這一點，當時頗有人認為是居正底寬宏。但是居正卻堅決地否認，他說：
古之聖賢所遇之時不同，而處之之道亦異。《易大過》棟橈。《彖》曰，“剛過乎中。”當大過之時，為大過之事，未免有剛過之病；然不如是，不足以定傾而安國，棟橈而本末弱矣。伊、周當大過之時，為大過之事，而商、周之業賴之以存，雖剛而不失為中也。僕以一豎儒，擁十餘齡幼主，而立於天下臣民之上，威德未建，人有玩心。況自嘉、隆以來，議論滋多，國事靡定，紀綱倒植，名實混淆。自僕當事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，開眾正之路，杜群枉之門，一切以尊主庇民，振舉頹廢為務，天下始知有君也。而疾之者乃倡為異說，欲以抑損主威，搖亂朝政，故不得不重處一、二人，以定國是，以一人心，蓋所謂剛過乎中，處大過之時者也。而丈乃以為失士心，誤矣。吾但欲安國家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……僕今所處何時也？主上舉艱鉅之任，付之於眇然之身，今權璫貴戚，奉法遵令，俯首貼耳而不敢肆，狡夷強虜，獻琛修貢，厥角稽首而惟恐後者，獨以僕攝持之耳，其出處去就，所繫豈淺淺哉？彼讒人者不畏不愧，職為亂階，且其蓄意甚深，為謀甚狡，上不及主上，旁不及中貴，而獨剚刃於僕之身，又無所汙衊，而獨曰“專擅，專擅”云云，欲以竦動幼主，陰間左右，而疑我於上耳。賴天地宗廟之靈，默啟高衷，益堅信任。不然，天下之事，豈不為之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寢不安席，以痛恨於忌者，蓋大舜疾讒說之殄行，孔子惡利口之復邦，故去此人以安僕也，以安社稷也。離明允斷，誠理法之正，而僕所以懇懇救之者，蓋以仰答聖恩，下明臣節耳，非欲為沽名之事也。（書牘八《答奉常陸五臺論治體用剛》）
同期中，居正又有上徐階書，（書牘十五《上師相徐存齋十九》）答胡邦奇書；（書牘八《答廉憲胡公邦奇》）他說：“顓蒙之見，果於自信，但知竭忠捐軀，可以報國，更不思身。”（《上存齋》）他又說：“蓋僕素以至誠待人，絕不虞人之傷己：至於近日之事，則反噬出於門牆，怨敵發於知厚，又適出常理之外。”（《答胡邦奇》）經過三四年的政局，居正對於自己，充滿了自信，他認定惟有自己，才能擔當國家底大任。因此從居正看來：攻擊居正，便是攻擊國家；摧毀居正，便是摧毀國家。這是必然的邏輯。居正說：“其出處去就，所繫豈淺淺哉？”自信力底擴大，已經到達驚人的地位，但是倘使把居正當國十年的政局，和萬曆十年以後直到明末的政局比較，我們不能不承認居正見地底正確。
居正對於劉臺的怨憤，真是深刻萬分。救止廷杖的事，只是政治手腕的運用。他不願意給一般人以強烈的刺激，所以劉臺倖免廷杖底處分。萬曆八年，張學顏為戶部尚書，揭發劉臺在遼東受賄的事實，再經過遼東巡按於應昌，江西巡撫王宗載底徹查，劉臺終於得到流戍潯州的處分。嫌疑底陰影，又投射到居正身上。居正說：“古云，‘寧人負我，無我負人’，況冤親平等，悉歸幻妄，今轉盼之間，已成陳跡矣，何足掛之懷抱乎？”（《答胡邦奇》）話雖說得淡泊，但是事實上居正不是一個淡泊的人。孔子說過：“以直報怨。”什麼是“以直報怨”呢？《禮記·表記》又記孔子之說：“以德報德，則民有所勸；以怨報怨，則民有所懲”。“直”只是應得的價值，因此“以怨報怨”和“以直報怨”，適成為同義的語句。也許居正認為劉臺只得到他應得的價值罷！從近代的政治風度看來；不能不算是可以惋惜的事。
劉臺攻擊居正底貪汙，不是沒有根據的誣衊。居正當國
