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居正的時代，國庫底主要收人是田賦，惟有對田賦有把握，才談到整理財政，才談到富國。隆慶五年已經有過徵賦不及八分，有司停俸的詔令。（《明史》卷—二七《蕭彥傳》）神宗登極以後，下詔：隆慶元年以前的積欠，一概豁免，隆慶四年以前的積欠，免三徵七。（《明史》卷二二九傅應禎傳》）換一句講，便是隆慶五年以後的積欠，一概追繳，同時還得追繳以前三年的七成積欠。考成法實行以後，規定徵賦不足額的，巡撫和巡按御史聽糾，府、州、縣官聽調。事態確實有些嚴重了。從書生底立場看，一切只覺得操切，但是除了整理田賦以外，在當時的環境之下，有什麼方法可以增加國庫收入，彌補歲入、歲出底巨大的差額？
元年，戶部尚書王國光奏稱：
國初天下州縣存留夏稅、秋糧，可一千二百萬石，其時議主寬大，歲用外計贏銀百萬有餘。使有司歲徵無缺，則州縣積貯自豐，水旱盜賊，不能為災患。今一遘兵荒，輒留京儲，發內帑。由有司視存留甚緩，苟事催科，則謂擾民，弊遂至此。請行天下撫、按官，督所司具報出入存留逋負之數，臣部得通融會計，以其餘濟邊：有司催徵不力者，悉以新令從事。（《明史》卷二二五《王國光傳》）
這是一個整理地方財政的計劃。王國光主張由地方當局整理田賦收入，除去規定截留作為地方經費者以外，一概呈報中央，再由戶部統籌，作為國防的經費。這一個計劃底提出、批准和實行，當然都有居正在內。經過嘉靖、隆慶兩朝虛耗以後，從神宗登位起，直至萬曆十年，國家稱為富庶，（《明史》卷—二二《張學顏傳》）不能不認為居正底大功。
萬曆元年，六部的人事發生了兩次變動。九月間吏部尚書楊博因病致仕，不久逝世。楊博底去位，當然是一個很大的損失。
居正說過：
自餘登朝，則見故少師太宰楊公，心竊嚮慕之，公亦與餘為忘年之契。公在本兵久，又遍歷諸鎮，躬履戎行，練習兵事。餘每從公問今中國所以制御夷狄之策，及九塞險易，將士能否，公悉為餘道所以，如指諸掌。故自餘在政府，所措畫兵事，蓋得之公為多。（文集五《吏部尚書襄毅楊公墓誌銘》）
楊博逝世以後，延推吏部尚書，候補人第一名、左都御史葛守禮，第二名、工部尚書朱衡，第三名、南京工部尚書張瀚。守禮資望最好，朱衡在河工方面，成績最著，但是居正認定張瀚清貞簡靖，獨用張瀚。本來第三名稱為陪推，照例是用不到的。因此張瀚對於居正，真是感激，在人才進退的方面，不免受內閣底影響。
禮部尚書陸樹聲因為對於內閣感到不愉快，請求致仕，居正託樹聲底弟弟樹德去挽留，但是樹聲去志堅決，只得由他去了。居正自己到樹聲家中，要他椎薦替人，樹聲推薦南京禮部侍郎萬士和。十二月間，禮部尚書也換了人。
在邊疆方面，最重要的變動是宣大總督底更換。宣大是當時最重要的地方，對付俺答封貢，王崇古盡了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢時。一次在文華殿上，神宗問道：
“宣大重鎮，為什麼要取回王總督？”＇更多精彩，更多好書，盡在＇5 １ 7 Ｚ 。 c Ｏ m＇
“朝廷用人，不宜把他底力量用盡。王崇古在宣大久了，應當休息一下，他日不妨再用，”居正說。
“誰可以代王崇古？”神宗又問。
“方逢時可代，”居正答。（參書牘五《與王鑑川言兢業邊事》）
這樣決定了王崇古入理京營戎政，方逢時補宣大總督的詔令。逢時本來是和崇古共事的，一切都很順利。
北邊的問題，暫時穩定了，但是廣東、廣西和四川還需要處分。處分的方法，第一便要使得地方負責官吏，感覺地位底穩定。居正和神宗也說起：
“現在南北督撫，皆臣親自選用，能為國家盡忠任事之人。皇上宜加信任，不要聽浮言，加以苛求，使他們無從展布。”
“先生底話說得是，”神宗說，“先生公忠為國，所用的人那有不當的。”（參書牘六《答殷石汀言終功名答知遇》）
廣東離北京太遠，地方又太富庶了。中央鞭長莫及，吏治不能澄清，貪官愈多，民憤愈大。政治底不良，成為地方治安的大禍。嘉靖中年以後，和平、龍南一帶，李文彪、謝允樟、賴清規，都稱王，佔據江西、廣東交界的地方，但是政府因為受到倭寇底牽掣，始終無力應付，直到四十四年，才算稍為安定一下。隆慶年間，惠州藍一清、賴元爵，潮州林道乾、林鳳、諸良寶，瓊
