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二十五日早朝以後，居正到文華殿，聽候召見。他叩頭謝恩以後，跪奏道：“臣前奉欽依，在京守制，服滿朝見。”
“先生全忠盡孝，萬古留名，”神宗說。
居正重新叩頭道：“臣蒙皇上天恩，委曲體悉，故得以少盡臣子之情，不勝感戴。”謝恩已畢，居正又叩頭道：“昨蒙聖恩，特降手敕，恩賚殊常，尤不勝感戴。”兩度叩謝以後，居正奏稱：“昨奉敕諭，著臣以後照舊朝參，臣即當欽遵。但年前數日，尚在三年之內，餘哀未忘，仍望皇上俯容，再寬數日，免令朝參陪論，候元旦慶賀後，照舊朝參供職。”
神宗計算年前只剩幾天，因此吩咐道；“先生元旦出來也罷。”居正叩頭遵旨。
神宗吩咐內監道：“與先生酒飯吃。”居正叩頭道謝。
居正又奏道：“臣在制中，屢荷兩宮聖母慈恩，賜賚稠疊。今服滿，欲詣各宮門外，叩頭稱謝，未敢擅便，請旨。”
神宗說：“是。著張宏引進。”
居正跟隨太監張宏先到慈慶宮外叩頭。仁聖皇太后遣內監傳旨道：“先生忠、孝兩全了，宜益盡心輔佐。”仁聖太后賜銀五十兩、紵絲四表裡。
張宏再領居正到慈寧宮。張宏進去，居正在外面叩頭。慈聖皇太后是神宗生母，因此說話更覺親切。她著張宏傳旨：“皇帝沖年，凡事多賴先生輔佐，天下太平。今服制已滿，忠、孝都全了，宜益盡心處置國事。”慈聖太后吩咐張宏管待居正三杯酒，另外特賜膳九品、金執壺一把、金臺盞一副、金鑲牙著一雙、銀五十兩、彩段四表裡、葷素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（見奏疏九《召見平臺記事》，對話用原文。）
萬曆六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未預，至是吏部題請加恩。神宗降諭，加太傅，歲加祿米一百石，原蔭武職伊男，升一級世襲。居正再疏辭免恩命，最後神宗準如所請，完成居正功成不居的志願。在再辭恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日講時候的談話：
先生功大，朕無可為酬，只是看顧先生子、孫便了。
他接受武蔭進級的恩賚，但仍辭太傅加祿。他說：
夫施及於己身者，其恩猶淺，施及於子、孫者，其思為深；戴德於一時者，其報有盡，戴德於後世者，其報無窮。今蒙聖恩，憐念臣男，擢之衛司，延以世賞，藐焉弱息，荷此殊榮，斯蓋前諭所謂看顧臣子、孫惓惓之意也。臣不勝感激，不勝頂戴，謹拜手祗領，仍囑臣後嗣，世效犬、馬，仰報生成。（奏疏九《再辭恩命疏》。）
萬曆八年正月，吏部因居正任一品官，已滿九年，例應考滿加恩，居正具疏力辭，更提出萬曆五年在京守制的心境，他說：
臣出則綜理國事，盡在公之義，入則守其苴絰，執居喪之禮，是臣之不去者，報君恩也，守制者，報親恩也。士大夫有識者，鹹謂皇上之所以處臣，與臣之所以自處，於君臣、父於之情，庶幾兩全而無害矣。然身雖屬於公家，事實殊於見任，今乃又計算前後月、日，通作實歷，積日累勞，循例考滿，則事同見任，禮曠居喪，君、臣之義雖全，父、子之情則缺矣。皇上昔日之所以處臣，與臣之所以自處者，豈不兩失之乎？……蓋事必揆諸天理之當，即乎人心之安，乃無歉恨，所謂“求仁而得仁”者。今臣自審，於理欠當，於心未安，故不得不仰控聖明，冀申情款，惟求協夫事理之中而已，非畏人之議己，而故為是喋喋也。伏望聖慈俯鑑愚誠，特停恩命，敕下吏部免臣給由，庶臣得以安心供職，而皇上曲全之仁，與微臣自處之義，終為完善，無所虧缺矣。（同卷《辭考滿加恩疏》）
經過居正盡情剖白以後，神宗傳旨道：
卿昔為朕勉留，夙夜在公，忠勤彌篤，殊勳茂績，中外所知。該部題請考滿加恩，委系彝典。茲覽卿奏，辭俸守制，與奪情起復不同，朕心更覺洞然。卿之所處，實為恩、義兩盡，足以垂範萬世，特允所辭，以全忠、孝大節。至於卿之勳勞，簡在朕心，當別有酬眷。（見上）
萬曆八年二月，神宗親耕耤田；三月奉兩宮皇太后至天壽山謁陵。居正認定現在是歸政的時期了，在扈從謁陵回京以後，隨即上疏乞休。他說：
臣一介草茅，行能淺薄，不自意遭際先皇，拔之侍從之班，畀以論思之任，壬申之事，又親揚末命，以皇上為託。臣受事以來，夙夜兢懼，恆恐付託不效，有累先帝之明。又不自意，特荷聖慈，眷禮隆崇，信任專篤，臣亦遂忘其愚陋，畢智竭力，圖報國恩，嫌怨有所弗避，勞瘁有所弗辭，蓋九年於茲矣。每自思惟，高位不可以
