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機周慎，品式詳明，足以邁三、五之登閎，垂萬億之統緒，此正近事之可徵，家法之易守者也。夫皇上所踐者祖宗之寶位，所臨者祖宗之臣民，所撫馭者祖宗之輿圖，所憑藉者祖宗之威德，則今日之保泰持盈，興化致理，豈必他有所慕，稱上古久遠之事哉？惟在皇上監於成憲，能自得師而已矣。（奏疏九《請敷陳謨烈以裨聖學疏》）
居正吩咐翰林院諸臣，就列朝寶訓、實錄，撰為《謨訓類編》。共分四十款，排日進講。他底心理還是隆慶六年十二月進《帝鑑圖說》的心理。疏中又言“但使工夫接續，時日從容，自可以開發聰明，亦因以練習政事。伏望皇上留神聽覽，黽勉力行，視訓錄之在前，如祖宗之在上，念念警惕，事事率由，且誦法有常，緝熙無間，即燕息深宮之日，猶出御講幄之時，則聖德愈進於高明，聖治益躋於光大，而臣等區區芹曝之忠，亦庶幾少效萬分之一矣’。
萬曆九年正月初五日，神宗在文華殿齋宿，這一天大風來了，黃塵蔽天，神宗吩咐文書官和居正說：“今日風氣不詳，恐有邊事，與先生說，可申飭邊臣，加意警備。”居正聽到以後，立刻傳諭邊鎮，準備應付。
一直到現在，北方的邊事還時時縈繞君臣的懷抱。比較松一點的是河套。在那裡的韃靼已經衰弱，正如居正在萬曆八年和三邊總督郜光先所說的“精兵健馬，消耗過半，東藉助於順義不獲，西修怨於瓦刺不能，其衰弱無能為之狀亦見矣”。（書牘四《答三邊總督》）
最成為威脅的是土蠻。土蠻向東可以進攻遼東，向南可以進攻薊州，所以雙方都時時在警戒的當中。遼東的李成梁，和土蠻交戰幾次，在戰事方面有相當的把握。薊州的戚繼光，正以威名太大，土蠻遠去，因此沒有立功的機會。萬曆八年秋間，傳聞土蠻南下，居正連忙去信說起：
前順義部下酋長，密報土蠻入犯訊息，即馳語薊遼軍門戒備，數日以來，警息沓至，西虜所報不虛矣。不穀料此賊必窺灤東。今日之事，但當以拒守為主，賊不得入，即為上功，薊門無事，則足下之事已畢，援遼非其所急也。賊若得入，則合諸路之兵堅壁以待之，毋輕與戰。我兵不動，賊亦不敢開營散搶，待之數日，賊氣衰墮，然後微示利以誘之，乘其亂而擊之，庶萬全而有功。足下經營薊事十年，今乃得一當單于，勉之勉之。辱示以破虜為己任，具見許國之忠，但古之論戰者，亦不全恃甲兵精銳，尤貴將士輯和，和則一可當百，不和雖有眾弗能用也。竊聞北人積談於南兵久矣，今見敵則必推之使先，勝則欲分其功，敗則必不相救，則足下之士，能戰者無幾耳。軍情乖離，人自為心，鼓之而弗進，禁之而弗止，雖有嚴刑峻法，將安所施？羊羹之事，可為明戒，足下宜深思之！時時查軍情向背，布大公，昭大信，毋信讒言，毋徇私情，毋以喜行賞，毋以怒用罰，部署諸將，宜以食多而養厚者當先，毋令失職怨望者當劇處。虛心受善，慎毋偏聽，察軍中如有隱鬱，亟與宣達。平日號令，如有未妥，不妨改圖。士卒毋分南北，一體煦育而拊循之，與最下者同甘苦，務使指臂相使，萬眾一心，知愛護主將如衛頭目，則不待兩軍相遇，而決勝之機在我矣。如是，乃可以一戰望成功也。惟足下豫圖之。不穀平生料事，往往幸中，凡所與足下言者，須句句體認，不可忽也。（書牘十二《答總兵戚南塘授擊土蠻之策》）
韃靼諸部之中，勢力最大的當然是俺答。自從俺答封為順義壬以後，實際上成為朝廷底附庸，接受朝廷底命令，約束部下。但是俺答對於部下，時時感覺不易駕馭。俺答底長子黃臺吉，便是一個不易駕馭的人。大致是萬曆八年吧，黃臺吉看見土蠻出兵虜掠，羨慕的了不得。他坦白地和父親說，自己準備向朝廷開戰。
“宣大是我買賣地方，汝不可胡做，別處我亦不管，”俺答說。除黃臺吉外，其次是青臺吉。他是老把都底兒於，俺答底侄兒。青臺吉和土蠻取得聯絡，因此在北邊成為威脅，居正對他，永遠不能放心。
在俺答精力充沛的時候，當然他可以統制一切，但是現在俺答病了，黃臺吉、青臺吉這兩位同堂兄弟，益發不受約束。居正還憂慮到俺答身後，部下分裂，固然不易統制，倘使完全為土蠻吸收，更成為朝廷底大害。八年、九年之間，來往於居正胸中的便是這許多問題。在書牘中一一可指。
辱示虜情，一一領悉。順義病既狼狽，豈能復起？土蠻素無遠略，且與西部不睦，豈肯為之勤兵報怨？切盡（即切盡臺吉、俺答侄孫。）之請，亦必不能成，虜勢窮蹙可見矣。順義一故，變態百出，顧吾所以應之何如？此事當勞公經畫，然拓
