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過已然脫胎換骨。
對於這樣重要的機構，葉利欽當然需要一個能幹而又可靠的人來負責。他環顧左右，選中了普京。1998年7月25日，葉利欽簽署命令，任命預備役中校普京為俄羅斯聯邦安全域性局長。本來，葉利欽打算提升普京為將軍，但是普京沒有接受，他知道，由一箇中校提升為將軍，即使是少將，也並不合適。普京也知道，以一個預備役中校而主管聯邦安全域性，會使很多人不服氣，但他不在乎，關鍵是看當了局長之後的工作成績和實效。據說，上任那一天，普京來到俄羅斯聯邦安全域性總部大樓，也就是過去的克格勃總部大樓，他的第一句話是：“我回家了。”
克格勃是普京少年時代為之神往、後來又為之貢獻了自己青年和中年時代的情報機構，現在普京成了這個機構的主人。普京執掌安全域性之後，首先建立了自己的班底。他的第二個大動作是精兵簡政。安全域性總部有6000名工作人員，普京大刀闊斧地精簡為4000人，整整裁去了三分之一。這些被精簡掉的人員，或調往各地充實當地的安全機關，或改行。
普京是這樣評價克格勃的：這是一個為極權主義服務的機構，但是具有非常專業的人員和組織。換言之，這只是一個工具，關鍵是為誰服務。可以為極權主義服務，但是也可以為民主政治服務。
克里姆林宮的“政治黑馬”
1999年3月，普京在聯邦安全域性局長的位子上只幹了十個月，就被葉利欽提升為俄羅斯聯邦安全委員會秘書。俄羅斯聯邦安全委員會是總統下屬機構，1992年根據俄羅斯憲法、安全法和總統命令建立，其職能是：審議重要的國家和社會安全建設，制定統一的國家安全政策。聯邦安全委員會下設若干跨部門委員會，包括對外政策、跨地區、國際安全、邊防安全和經濟安全等委員會。這是一個超級的權力機構，職權遠比內閣大，因為它包括了上下兩院的議長，其制定的政策都是關乎國家安全的大事。
聯邦安全委員會秘書由總統任命並且直屬於總統，在國安會及相關的活動中擁有廣泛的權力。這個職務在某種程度上相當於總理。總理只管政府，國安會決策的範圍卻超過政府。它的職權在主要大國的同類機構中是最大的。普京擔任這個要職，說明他已經進入了權力核心，成為參與決策的大員，而在此之前，他只是一個部門的負責人。
普京擔任聯邦安全委員秘書是其政治生涯的一個重大轉折。此時葉利欽的任期只有一年多時間了，葉利欽長期以來身體欠佳，媒體又經常報道他酗酒失態。葉利欽身邊的人，如他的女兒季亞琴科和尤馬舍夫等人，在決策中所起的作用也常常引起批評。同時，俄國的經濟和社會問題叢生，政壇鬥爭激烈。在國外，北約繞過聯合國，對南斯拉夫和科索沃發動了78天的遠距離空中打擊，南斯拉夫被迫從科索沃撤軍。
但是普京上任伊始，就顯示出了鐵腕政治家的本色。在科索沃問題上，當北約軍隊興高采烈準備進駐科索沃首府普裡什蒂納的時候，一支俄軍傘兵小分隊卻在英軍之前，在普裡什蒂納機場如神兵天降，搶佔了機場。訊息傳出，北約震驚。北約盟軍總司令美國上將克拉克命令英軍奪回機場，但是英軍司令傑克遜拒絕了，他說：“將軍，我不能為您而發動第三次世界大戰”。有理由相信，在協調這一行動的時候，普京作為聯邦安全委員秘書，也發揮了他的作用。
普京擔任聯邦安全委員會秘書，在協調和處理國內外重大的安全問題上都有出色的表現。在此期間，葉利欽有一次有意無意地對新聞界說起，他已經有了接班人，但是現在不能公佈。媒體沒有太注意這句話，直到普京被任命為總理，人們還沒有往這方面想，因為葉利欽在一年之內換了三個總理，誰知道普京的任期能有多長？這和普京的韜光養晦低調為人也有關係，他總是退居幕後，不求引人注意。1999年8月，葉利欽總統提名普京為俄羅斯政府總理，並宣佈他為自己的接班人。
普京政治生涯的運氣之好，與其說是升遷得快，不如說是時機恰當。葉利欽在位八年，身邊的謀士親信和高官重臣換了一批又一批。八年裡葉利欽換了七個總理，七個安全域性長，十個財長，六個內政部長，七個總統辦公廳主任，六個安全會議秘書，只有外交部長和國防部長換得少些，各換了三個。以此推斷，普京不管是作為安全域性長、安全委員會秘書還是總理，如果長期幹下去的話，恐怕也是前程難卜。但官員輪換的走馬燈到了普京這裡停住了，因為葉利欽已沒時間再換下去。普京成了惟一一個不被撤職的政府總理。 。。
