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是按照遠東國際軍事法庭憲章的規定，檢察長卻負有對被告起訴的全責。閱“遠東國際軍事法庭憲章”第八條（甲）款。這兩者之間，乍看起來，似乎是有矛盾的。既然十一國列名原告，就不應該規定由檢察長負起訴之責。既然要檢察長負起訴之責，就不應該用十一國的名義作為起訴的原告。這種看法不是完全沒有道理的。一個比較合理的折中的解釋是：有鑑於這個案件的空前重大，起訴必須以十一國國家的名義為之，而檢察長所負的所謂起訴責任只是在技術上支援起訴的責任。檢察長只能被視為代表原告而處在訴訟程序中的一個首席律師，而真正的原告卻應該是十一個同盟國家。法庭稱檢察長為“檢方首席律師”，或“檢方主任律師”，理由或許就在這裡。
關於起訴書的內容，法庭憲章的規定是十分簡單的。它只要求“起訴書對每一被控訴之罪行應有清晰、精確及充分之說明”，此外別無其他的要求。閱“遠東國際軍事法庭憲章”第九條（甲）款。
國際檢察處代表十一國所撰擬並向遠東法庭提出的起訴書，大體說來，還算是能夠滿足憲章的要求的，雖然其中也有不少的而且是嚴重的缺點。
起訴書控告被告們的罪狀共為五十五項。在分別呈述這些罪狀之前，它有一個簡短的“前言”，扼要地說明了一下日本帝國主義統治集團犯罪活動的政治意義和特徵。“前言”寫道：
“在本起訴書中所提及之年月間（按，指自1928年1月1日至1945年9月2日），日本的對內和對外政策是由一個犯罪的軍國主義的集團所控制及指使，這些政策乃造成嚴重的世界混亂、歷次侵略戰爭、並使各國愛好和平人民自身的利益均遭受極大損害之原因。一種自稱日本民族比亞洲各民族甚至比世界各民族都優越的危險思想一貫有系統地毒化了日本人民的意識。日本已存在的各種代議機構都被用為廣泛侵略之工具，而一類似希特勒德國設立的納粹黨和義大利設立的法西斯黨的政黨體制旋被採用。日本經濟財政資源大部分都被為軍事目的而徵用，日本人民的福利大受損害。
“在這些被告之間成立了一個陰謀，參加這個陰謀的還有其他侵略國家，即納粹德國和法西斯義大利之統治者。這個陰謀的主要目的在於取得這些侵略國家對世界其他部分的控制和剝削，並且為此目的而犯下了或鼓勵他人犯下了本憲章所稱的破壞和平罪、戰爭犯罪和違反人道罪，從而威脅並損害著人類的尊嚴和自由的基本原則。
“為了實施和完成這個陰謀計劃，被告們利用他們的權力、他們的官職以及他們的個人聲望和影響，企圖並實際策劃、準備、發動並執行了對美國、中國、英聯合王國、蘇聯、澳大利亞、加拿大、法國、荷蘭、紐西蘭、印度、菲律賓以及其他愛好和平各國人民的侵略戰爭，並破壞國際法以及神聖條約所規定的義務和保證。為了進一步促成這個計劃，被告們圖謀並實行了破壞公認的戰爭法規和慣例的各種行為：謀殺、殘害和虐待戰爭俘虜、被拘平民以及海上人員，不給他們足夠的飲食、宿舍、衣著、醫藥及其他照顧，強迫他們在非人道條件下勞動，並使他們橫遭侮辱；榨取戰敗各國的人力和經濟資源以供日本之用；掠奪公私財產；沒有軍事需要的任何理由，肆意毀壞城市鄉村；對於淪陷區無辜平民實行大規模的屠殺、強姦、搶劫、綁架、殘害及其他種種野蠻暴行；對日本政府人員和機關實行陸海軍人的控制及操縱；用建立大政翼贊會、實行民族擴張主義的教育、散佈戰爭宣傳以及嚴格控制新聞及廣播的方法，對公眾輿論作侵略戰爭的心理準備；在戰敗各國中成立傀儡政府；同德國和義大利締結軍事同盟，藉以增強實行日本擴張計劃的軍事力量。”
起訴書前言最後一段是這樣寫的：
“因此，上述各國，根據1945年11月26日波茨坦宣言，1945年9月2日日本投降書和1946年1月19日盟國最高統帥部所頒佈並於1945年4月26日修正過的本法庭憲章，經由下面簽名的賦有代表其各自政府參加對首要戰犯們進行偵查和起訴的全權代表，茲對上開全體被告人犯，就下列所指範圍，即破壞和平罪、戰爭犯罪、違反人道罪，並就法庭憲章中曾加以定義的各種罪行的共同計劃或陰謀，提起控訴。據此，上述各國提出下列各罪狀中所指名的各犯作為本案的被告。”
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對被告們控訴的五十五項罪狀（1）
繼“前言”之後，起訴書便提出了對被告們控訴的罪狀共五十五項，其中有些是對全體被告提出的，有些是對一部分被告提出
