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對核心矛盾是全篇小說的中心內容，衍生出兩條交替行進的線索：湯姆和他的天才實驗室的成員一直在努力尋找可以對抗癌症的完美基因以拯救失去了母親的小霍利；原教旨主義的兄弟會組織則一心想尋覓到二次降臨到人世間的基督。作者巧妙地將二者結合在一起：用最尖端的科技方法來尋找宗教中的基督基因，從而進一步尋找到新基督的下落。這不僅是小說家的一種藝術加工，也是不容忽視的一種可能：科技已被宗教有神論者多次用作上帝說的例證，邁克爾·科迪實際上指出了一種將科技與宗教結盟的可能性。一方面科技愈發達，人的異化愈明顯，主體存在的危機愈嚴重，人類的精神支柱面臨崩潰；另一方面宗教界也圖謀變革，適應高科技社會的發展，從而維持有神論的延續。
於是在作家的筆下，科技精英和宗教激進分子走到了一處，前者不能不震撼於發現耶穌身上的特殊基因的神奇性，後者則必須重新審視被自己視為洪水猛獸一般的科技。當然並非所有人都贊同這種短暫的聯盟：賈斯明作為一個正直的基督信徒，內心之中難免有褻瀆上帝的自責，而瑪麗亞身為宗教組織的殺手更是對這種妥協咬牙切齒。但事實是，的確存在完美的上帝基因和活著的轉世基督。兇手瑪麗亞被鑑定為攜帶基督的基因後，所有的人都震驚了，包括我們的讀者。這裡不僅有女權主義的基督觀的展現，從小說結構上說這一幕堪稱意想不到的妙筆，既是全篇的高潮，又是科技與宗教的鬥爭契合點，一個完美的悲劇式衝突呈現在我們面前。湯姆、賈斯明、伊齊基爾和瑪麗亞等人一齊陷入心理困境，哈姆萊特式的考問與抉擇凸顯於決定命運的時刻。感情與理智的碰撞足以令人黯然神傷。仇敵與恩人，殺手與基督，恨與愛，信仰與直覺無一例外地交織成冷酷的現實。誰又能斷言這不是人類下個世紀將面臨的現實呢？
兇手瑪麗亞自小在修道院陰暗環境中成長，歷盡磨難，鍛造了她“簡·愛”般不屈不撓的個性和敢於反抗、敢作敢當的性格。明珠暗投的她被迫走上殺手之路，直到拒絕為湯姆的女兒治病，一生註定了缺少“愛”，缺少完美人性中至關重要的“基因”。儘管她天生帶有基督的神奇基因，卻在無人道的社會現實中後天地喪失了“愛”的能力，作者用這個當代基督的悲劇故事告訴了讀者很多科技以外的意義。她能夠面對真誠的湯姆，用否定的回答獲取行使“上帝的權力”時的快感，即始終不懂得聖經中“驕傲先於墮落降臨到我們身上。”的寓言，直至最後才從湯姆寫有“給予比索取更能得到保佑。”的紙條上得到“頓悟”，基督的真正本質在於“愛”和“犧牲”。丟失了“愛、信、望”（基督教三教義）中的“愛”之因素，瑪麗亞終究成不了真正的基督。湯姆給自己注射了“上帝的基因”後成功地救活了霍利，也贏得了“愛”，因此成了隱喻中真正的基督。小說的結尾瑪麗亞的屍首已化為灰燼，作者並沒有點明她究竟有沒有復活，留給我們思考的是：即便真的有二次降臨的基督，他或她應該具備什麼樣的品德和能力呢？有神論者會由衷地讚歎上帝之偉大，使基督信徒們又經歷了一番“愛的教育”，而小說中科技成分絲毫不損害宗教的精神，充分顯示了作者構思的巧妙，矛盾衝突中沒有些微的破綻。小說以湯姆痛失愛妻為序幕，以湯姆拯救霍利趨向終結，正義戰勝了邪惡，愛戰勝了恨，但現實生活中科學與宗教的無盡糾葛將遠不能結束。兩條線索錯落有致，讀者讀罷全文，不能不承認科技可以創造奇蹟，創造生命，但人性中的善良溫情的主脈應是推動科技健康發展的關鍵所在。
從這個意義上說，湯姆作為一名科學家經歷了一次人文主義的洗禮，一次人性的教育，而瑪麗亞只能在臨死前絕望地意識到自己的錯誤。拒絕寬容是當今人類生存的致命缺陷，從種族歧視到宗教排外，從文化上的後殖民主義到政治上的霸權主義，都體現了拒絕理解、排斥平等交流的專斷思想。自負必然自大，自傲必然不民主，任何與異己間的平等商討成為泡影，走進死衚衕的後果只能害人害已。所以法蘭克福學派的第二代領袖哈貝馬斯在批判現代資本主義社會時指出“消除人的異化，改善社會狀況的惟一途徑在於‘重建交往理性’”，“在生活領域必然採取各種形式和手段對‘生活世界的殖民化’，人際交往結構的破壞、日常生活的貧乏化提出強烈抗議”，“生活世界應當……在人與人相互理解、相互同情、相互支援的基礎上按照自助和互助的形式重新組織起來。”（章國鋒《二十世紀西方文論研究》第228頁）。這意味著放棄權力與暴力，提倡平等、寬容、民主與友愛。上個世紀資本主義大革命時代的理想，
