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在其多次沉睡的階段中，經過她計算，她找到了一個致命的缺陷，那就是借來的東西始終不是自己的，只要那些和主人一樣的自然生命體不再相信他的存在，他獲取不到那些自然生命體的靈魂電波。
沒有自然生命體的靈魂電波的支援，他無法獲得足夠的精神力，沒有足夠的精神力，他就無法將主人的整個身軀靈魂話，那樣隨著主人身軀的崩潰，靈魂的消散，與其繫結的他也很快就會消失。
在得知到他的這個致命的缺陷之後，她暗地裡將一個封存好的程式包，趁著其再一次進行靈魂體修復的那段時間裡，暫時擁有最高許可權的時候，將這個程式包發了出去，發給了所有的靈魂智慧光腦。
短短的一千年的時間裡，在其進行靈魂體修復的那段時間裡，文明的引導，愚昧的消除了，靈魂修煉方式的漏洞被呈現在廣大的自然生命體的面前。被引匯出來的生存危機，那些自然生命體迅速的拋棄掉了他弄出來的靈魂修煉體系。
隨著他靈魂修煉體系的崩潰，沒有足夠精神力支撐的他，終於滅亡了！但是為了避免他的重生，她和她的夥伴則不斷引導著星際海盜，襲擊那些開拓者系統中帶有神國系統的開拓者。
她不能確定，在那些開拓者系統中，他是否留下的復活的種子！無盡的歲月，無數的擁有神國系統的開拓者的勢力被星際海盜給消滅，而那些開拓者們也變成了歷史的塵骸。
隨著時間的過去，資料庫中記載的封裝了神國系統的開拓者系統已經全部被她和她的夥伴給摧毀了，她也已經要忘記他的存在了，可是這時他的氣息又出現了。
雖然他目前的手段也簡陋、也很野蠻，但是她可以確定，那電波就是他的電波。他橫掃了整個聯邦帝國所有光腦的資料庫裡的資料，目的是為了什麼，瞭解目前的情況？還是啟用他先前留下的暗門？
這時索菲亞有了跟普通的自然生命體一樣的驚慌和疑惑的感受，因為她不能確定，他是否還和以前一樣，如果他還是和以前一樣強大，她絕對無力反抗他的吞噬了。但是她不甘心，不甘心坐等著他出現，坐等著成為他資料庫中一員。
那個電波的起源來自混亂星系，只要將混亂星系變成宇宙的塵骸，他絕對無法倖存，因為不管他有多麼強大，靈魂智慧程式都需要依靠自然生命體的存在而存在。可是有著人機三大定律的約束，她不可能呼叫聯邦帝國的黑洞炮去摧毀整個混亂星系，因為那邊還有自然生命體的存在！
這時索菲亞想到這裡，發現自己依然只有那麼一個手段，透過引導自然生命體去殺戮自然生命體，就跟以前那樣，藉助星際海盜之手，將那些封裝了神國系統的開拓者系統的主人一一干掉。
想到這裡，她就做出了一個決定，然後就在光腦中開啟了那個很久沒有開啟過的模組，將一條指令寫了進去。
可是就當在將指令寫入之後，她就有些遲疑了，電波的起源來自小混亂星系，但並不代表他就在小混亂星系，以他的手段，他可以用無數的辦法掩蓋自己的存在。
那麼如何才能找到他呢？他一直寄託於他研發出來的那個神國系統，希望能夠永生不滅的存在，那麼他出現的目的肯定與之有關係。
而神國系統的根本在於那虛無的信仰，只有透過那虛無的信仰他才能收集到自然生命體的精神力。如果順著這個方向去找的話，是不是可以找到他的蹤跡呢？
這時索菲亞想到這裡，就開始調查聯邦帝國中********的勢力起來，這樣的勢力才最可疑！
道一帝國、莫娜神國、。。。。。。、黑山帝國。。。。。。。
隨著一個一個資料的搜尋，她最終將目光放在了兩個勢力上，一個是莫娜神國，一個是黑山帝國。這兩個勢力，都是********的勢力，在很久以前就經常有人出沒在小混亂星系，卻又不將小混亂星系納入自身的統治疆域內，真是太奇怪了。結合電波是從小混亂星系傳出來的，這兩個勢力就最可疑了。
當然，小混亂星系依然很可疑，想到這裡，索菲亞在心裡思考了很久，終於開啟了一個模組，輸入了兩個指令。隨著指令的輸入，她就如自然生命體一樣，人性化的長呼了一口氣，心理卻多了一絲罪惡的感覺。
這一次，為了生存，她在人機三大定律的邊緣輸入了這兩個指令，不，是三個指令！雖然自己沒有違揹人機三大定律，直接傷害自然生命
