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任中國派遣軍總司令官，7月5日原華南方面軍（大本營直轄）司令官後宮淳接替板垣徵四郎任中國派遣軍總參謀長。
1941年11月5日，日本御前會議決定對美、英、荷開戰。為此，日軍大本營從中國派遣軍抽出相當大的兵力，對中國派遣軍的基本任務也作出相應的調整。11月7日，第5、第18、第21、第33和第48師被指定調往太平洋戰場。
11月8日第4師改歸大本營直轄，同日，第3飛行集團被指定轉進太平洋戰場，新建第1飛行團（飛機70架）和第23集團軍飛行隊（飛機45架）接替在華北、華中、華南的空中作戰任務。
12月3日，大本營以“大陸命第575號”明確了中國派遣軍的新的基本任務。新任務主要不同點在於更加強調對中國抗戰大後方、敵後抗日根據地的封鎖，更加強調掠奪中國的重要資源及中國派遣軍的“就地自給”。
在下達中國派遣軍基本任務的同一天，1941年12月3日，日軍大本營以“大陸指第1042號”專門就此作出具體指示：在佔領區適當構成切斷線，嚴禁物資流通；在佔領區內主要城市，嚴格取締物資對外流通；確保佔領區內重要資源地區，使之便於開發及取得，並加強就地自給的方針，積極取得、利用佔領區內外之資源，盡力增強戰力。
1941年至1943年，日軍只對正面戰場進行了若干次戰役進攻，將主要力量用於鞏固佔領區的治安作戰，在華北實行“治安強化運動”，在華中進行“清鄉”。國民黨軍在敵後的陣地，如中條山、太南豫北、魯中、蘇北，在日軍的打擊和誘降瓦解下紛紛垮臺。其中成批的國民黨軍投敵成為偽軍。
中國共產黨在日佔區建立與發展起來的抗日根據地，由於日偽不斷的“掃蕩”、“蠶食”、“清鄉”，以及嚴重的自然災害，處境非常困難。面對新的形勢，中共中央、中央軍委對武裝力量建設、對敵鬥爭策略等方面作出新的部署。
1941年1月中央軍委發出《關於交通戰的指示》，指出：敵人確實控制其佔領區之交通線為其既定方針，在其主要交通線上我軍破襲愈多，敵人守備也愈強，結果我之交通聯絡亦愈不便，破壞後因敵技術優越，甚易修復，我軍動員民眾破路，敵人強迫民眾修路，無休無止，“致人民晝修夜破，不免疲勞”。為堅持敵後長期抗戰計，軍委指示：“道路不可不破亦不可太破，凡與我太有害而於敵非心爭者（如插入我根據地內之公路）必須徹底破襲；凡在敵為必爭，在我無力控制者（如正太路、平漢路北）不可因破襲引起敵之守備加嚴”，“凡我方所需要之交通線透過之道路不可破壞以免敵之注意，而應加緊當地之偽軍偽組織內工作以求交通便利”，“破路應儘量節省民力，多用火藥爆破”。＇中央檔案館：《中共中央檔案選集》第13冊，中共中央黨校出版社，1991年版，第35頁。＇
在武裝力量建設方面，1941年11月7日，中央軍委發出《關於抗日根據地軍事建設的指示》，指出：“敵寇對我抗日根據地的殘酷‘掃蕩’，我軍人力、物力、財力及地區之消耗，使敵後抗日根據地的敵我鬥爭，進入新的更加激烈的階段”，“在這一新階段中，我之方針應當是熬時間的長期鬥爭，分散的游擊戰爭，採取一切鬥爭方式（從最激烈的武裝鬥爭方式到最和平的革命兩面派方式）與敵人周旋。”根據地的軍事建設，必須適應新的環境。為此，每個根據地的軍事機構均應包含主力軍、地方軍、人民武裝（即不脫離生產的自衛隊及民兵），“目前軍事建設的中心注意力，應放在地方軍及人民武裝的擴大與鞏固上，而這方面恰恰是我們的弱點所在。……主力軍應採取適當的精乒主義”。主力軍與地方軍數量上的比例，在山地根據地一般應以二比一為原則；在平原根據地則以一比一為原則；在某些最困難的區域（如冀東、大青山、蘇南）應當打消主力軍與地方軍的區別，全部武裝地方化。至於人民武裝（不脫離生產的自衛軍），應當包括人民的最大多數，其中之骨幹（民兵）數量應當超過地方軍與主力軍之全部數量。而每個根據地脫離生產青全部數目（包括黨、政、軍、民、學），仍只能佔根據地全部人口的3％。＇中央檔案館：《中共中央檔案選集》第13冊。中共中央黨校出版社，1991年版，第212、213頁。＇
1941年12月8日日本發動太平洋戰爭後，中共中央於12月17日發出《關於太平洋戰爭爆發後敵後抗日根據地工作的指示》，指出：“太平洋戰爭的爆發，無疑對於我國抗戰是有利的”，因為日本四處樹
