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包括懲辦日本戰犯，以實現日本的投降條件。
經盟國授權，駐日盟軍最高統帥麥克阿瑟於1946年1月19日頒佈了《特別通告》及《遠東國際軍事法庭憲章》（同年4月26日修正）。同時宣佈在東京正式成立遠東國際軍事法庭，準備對日本戰犯進行審判。法庭憲章共5章17條，規定了任務、組成、訴訟程式及其管轄權。1946年2月18日，麥克阿瑟任命澳大利亞的韋伯為首席法官，另外任命了中、蘇、美、英、法、荷、菲律賓、加拿大、紐西蘭、印度等國的10名法官。美國律師約瑟夫·B·基南被任命為首席檢察官，其他30名檢察官大都來自在日本投降書上的簽署國。
日本投降後不久，少數死不悔改的法西斯戰犯自知難逃法網，不願接受審判，接連畏罪自殺。1945年8月15日，日本陸相阿南惟幾在官邸剖腹自殺。此後，海軍軍令部次長大西瀧次郎中將，原參謀總長、華北方面軍司令官杉山元元帥、陸軍上將田中靜壹、前關東軍司令官本莊繁上將、前臺灣總督安藤利吉及吉本貞一上將等人相繼自殺身亡，9月11日，遠東盟軍最高司令部下令逮捕前首相東條英機等39名戰犯，9月12日，東條自知惡貫滿盈，罪重難逃，便在東京寓所於盟軍到達後向自己的胸部開槍，但未擊中要害，自殺未遂。10月7日，東條傷愈後被盟軍拘留，11月19日，又宣佈逮捕前首相小磯國昭陸軍上將等10名戰犯。12月2日，宣佈逮捕前首相平沼騏一郎、廣田弘毅等59名戰犯。12月6日，逮捕前首相近衛文麿、前內大臣木戶幸一等9名戰犯。近衛於12月16日在獲外莊寓所服毒自殺。
1946年4月29日，遠東國際軍事法庭對東條英機等28名甲級戰犯正式起訴。法庭設在原日本陸軍省，庭長室設在東條英機原來的辦公室。5月3日，法庭在軍事會議廳召開第一次公開會議，開始審理東條等戰犯的罪行。
審理採用美、法法律，分立證和辯證兩個階段。3日至4日，首席檢察官基南宣讀長達42頁的起訴書。起訴書歷數了自1928年1月1日至1945年9月2日，被告的破壞和平罪、戰爭犯罪和違反人道罪等，即“以領導者、組織者、教唆者或同謀者的資格，參與共同計劃或陰謀，欲為日本取得對東亞、太平洋、印度洋以及其接壤各國或鄰近島嶼之軍事、政治、經濟的控制地位，為達到此目的，使日本單獨或其他國家合作，對任何一個或一個以上之反對此專案的國家從事侵略戰爭”。起訴書列舉出55項罪狀。被告中罪狀中最少的也有25項，最多的達54項。
東京審判從1946年5月3日開始，到1948年11月12日結束，前後持續2年半之久，共開庭818次，法官內部會議131次，有419位證人出庭作證，779位證人提供述書和宣誓口供，受理證據4336份，英文審判記錄48412頁。1948年4月16日，法庭宣佈休會，以作出判決。從1948年11月4日起宣讀長達1231頁的判決書，到12日才讀完。整個審判計耗資750萬美元之多。判決書分三部分。
第一：
一，法庭的設立和審理。
二，法庭的職責
甲，法庭的管轄權；
乙，對俘虜的戰爭犯罪的責任；
丙，起訴書。
三，日本的義務和權利。
第二：
四，軍部控制日本，準備戰爭。
五，日本對中國的侵略。
六，日本對蘇聯的侵略。
七，太平洋戰爭。
八，違反戰爭法規的犯罪（暴行）。
第三：
九，起訴書中罪狀的認定。
十，判決。判決書肯定日本的內外政策在受審查的時期（1928—1945年）內都是旨在準備和發動侵略戰爭。
被告最初是28人，但前外交大臣松岡洋右和前海軍大將永野修身病死，為日本侵略炮製法西斯理論根據的大川周明因發狂而診斷為精神病中止受審。最後只對25人進行了審判和判決。對7人處以絞刑（東條英機、廣田弘毅、土肥原賢二、板垣徵四郎、木材兵太郎、松井石根、武藤章）。對16人處以無期徒刑（荒木貞夫、橋本欣五郎、畑俊六、平沼騏一郎、星野直樹、賀屋興宣、木戶幸一、小磯國昭、南次郎、岡敬純、大島浩、佐藤賢了、嶼田繁太郎、白鳥敏夫、梅津美治郎、鈴木貞一），判處2人有期徒刑（東鄉茂德20年，重光葵7年）。1948年12月23日凌晨，東條等
