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做好一切安排之後，楊屹就把改造工作交給了阿倫。
當然，他也沒閒著。在對一千名克隆戰士進行改造的同時，楊屹動手製造了更多的改造裝置。如果需要對兩千萬名戰士進行改造，那麼別說是一千臺，就算是十萬臺，甚至一百萬臺改造裝置也不夠。雖然沒有把握製造足夠多的改造裝置，但是這個時候，楊屹也只能走一步看一步了。
十日後，第一批克隆戰士的改造工作完成。
他們原本就是戰兵，而且獲得了由楊屹提供的聖器，所以在完成改造之後，他們並不需要花多少時間進行訓練。唯一要做的，只是熟悉玉家制造的皇級戰機，因為只有駕駛皇級戰機，這些完成了改造的克隆戰士才能跟那些擁有座架的戰皇匹敵。很明顯，矽魅聯盟的戰皇來到南阿爾法星系，其中一些肯定有座駕，而且肯定是十二級以上的矽獸，也許還是兇猛的野生矽獸。就算並不是所有戰皇都有，但是隻要有一名戰皇擁有座駕，那麼與之遭遇的人類戰士就需要皇級戰機。
當然，玉家的皇級戰機生產線一直在全速運轉，提供一千架皇級戰機不是什麼難事。隨著極境族提供的支援逐漸發揮作用，皇級戰機的產量也得到了提升。用玉明震的話來說，基本上能夠滿足武裝人類戰士的需求。等到航線打通，跟極境族取得聯絡，還能獲得由極境族製造的皇級戰機。
一切準備就緒之後，楊屹給這些克隆戰士安排了任務。
他們的使命不是去收復那些被戰皇攻佔的恆星系，也不是去找戰皇決戰，而是去搞清楚各個恆星系的情況，特別是戰皇的活動情況，以及敵人在各個恆星系裡做的事情，比如有沒有對星球進行環境改造。
顯然，楊屹沒有想過靠一千名克隆戰士扭轉局面。
只是，楊屹同樣沒有因此而放棄反擊的念頭。
簡單的說，他需要足夠多的時間來對更多的戰士進行改造，武裝一支足夠跟戰皇匹敵的超級軍隊。在此期間，最為要緊的就是守住家園星系。因為敵人不可能一直按兵不動，所以必須在適當的時候發動反擊，透過反擊牽制敵人，從而獲得足夠多的時間，而發動反擊需要的就是準確的情報。
因為其他恆星系全都淪陷，所以人類聯邦的情報網路早已癱瘓。這一千名克隆戰士執行的任務，其實就是去獲取情報。在掌握了準確的情報之後，楊屹就能組織更多的克隆戰士發動反擊。
當然，克隆戰士的行動由軍部負責，也就是由玉明震負責，楊屹沒有插手。
在送走了第一批完成改造的克隆戰士後，楊屹開始對第二批戰士進行改造，這次擴大到了三千人，而且有一千名人類戰兵。與第一次改造一樣，楊屹交給了阿倫，只是讓軍部提供了一臺效能更強大的光腦，畢竟同時控制三千臺改造裝置需要處理更多的資訊，也就需要運算能力更強的光腦。
因為有了之前的經驗，所以第二批戰士的改造工作只用了七天時間。
與第一批克隆戰士一樣，第二批戰士在領到了皇級戰機之後，也被派了出去，而且同樣執行的是偵察任務。
楊屹的精力依然放在了改造上，第三批接受改造的戰士達到了五千米，而且其中有一千名極境族戰士。
顯然，對於楊屹的安排，玉明震依然覺得無法理解，畢竟人類聯邦有足夠多的能夠接受改造的戰兵，完全沒有必要動用極境族的戰兵。只不過，玉明震也不敢說三道四，畢竟楊屹肯定有他的道理。再說了，極境族一直跟人類聯邦並肩作戰，總不能只是讓極境族負責次要的事務吧。
只是，這次改造稍微麻煩了一點，對一千名極境族戰士的改造工作由楊屹親自操刀。
不是說極境人的身體構造與人類不同使得改造變得更難，而是意識上的問題。其實，改造所涉及到的也只是改造物件的個體意識，即改造物件有沒有足夠強大的意志力，能否承受改造所產生的影響。從某種方面來講，這也是對世界的認知，或者說是對自我存在價值的一種認識。相對而言，人類戰士的問題還不是很大，畢竟人類聯邦在過去的數千年裡一直生死邊緣掙扎，所有人都浸染其中，由此所產生的影響深入到了每一個人的骨髓，而極境族一直和平繁盛，如果不是這場戰爭，極境族的絕大部分人都無法認識到戰爭的殘酷性，也就談不上什麼犧牲精神。
所幸的是，極境族派來的是最精銳的戰兵，而且全都有實戰經驗。
改造工作稍微複雜了一些，不過總體來說還算順利，而且完成了改造之後的極境族戰士並不比人類戰士差。
