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鼠疫大爆發與旱災、蝗災以及戰亂的接踵而至，大明王朝徹底崩塌，女真入主北京。令人驚奇的是，席捲肆虐全國的乾旱和鼠疫突然就消散得無影無蹤。華北各地風調雨順，社會經濟開始復甦。
明末大鼠疫間接造成了北京的淪陷與大明王朝的滅亡，讓女真入主中原。1910年冬天，一場百年不遇的大鼠疫襲擊東北。第2年滿清滅亡。
天道輪迴，蒼天饒過誰。
明末大鼠疫深刻地改變了社會秩序、人口結構、政治格局和人文環境。災荒、疫情、戰爭，相互影響，相互作用，使得神州大地生靈塗炭，山河破碎。
明清易代之際，因非正常死亡，中國的人口減少了約四五千萬。
明末大鼠疫一人感染，全家都會傳染，甚至有的全家死絕。親戚更是不敢上門慰問弔唁，因為只要一進病家門口，必會感染。
等到他回去，又把病毒帶回自己家中，疫情死亡率極高，以至於北京九門“日出萬棺”。疫情最恐怖最可怕之處，死亡在一瞬間發生，甚至來不及診斷和治療。
鼠疫是野生齧齒類動物間的一種自然疫源性烈性傳染病，如鼠類、旱獺等。人類鼠疫的病例多由跳蚤叮咬或直接接觸染疫動物而感染。
鼠疫傳染性強，鼠疫患者透過飛沫傳播形成人傳人。如果不治療，病死率高達30至60。14世紀歐洲鼠疫也稱黑死病，造成約5000萬人死亡。
人類對鼠疫普遍沒有天然免疫力，但病後可獲持久免疫力。
治療鼠疫無特效藥，最有效的是鏈黴素。用黃連、苦參、連翹、大黃、生地、知母六種抗菌中藥熬製至一定濃度，對鼠疫有很好的抑制作用。
張錫純以白虎加人參湯，其中又以山藥代粳米,再加玄參，治療鼠疫症狀。
嶺南傷寒“四大金剛”中的黎庇留、譚星緣、易巨蓀3人合議以升麻鱉甲湯承證加減治療鼠疫，效果達60至80。
黃連素對鼠疫菌有抑制作用，黃連素抗菌範圍很廣，可以治療胃腸道疾病，是治療水土不服、痢疾、腹瀉的首選良藥。
黃連素是從中藥黃連中分離的一種季銨生物鹼。將黃連原料粉碎,加入硫酸溶液進行乳化,將提取的濾液用石灰乳、濃鹽酸、氯化鈉調節，即可提取黃連素。
吳有性發明的刺血法以及現代總結的保持清潔衛生、戴口罩、隔離、滅鼠、病死屍體焚燒等辦法都能夠有效抑制鼠疫。
明末時候的瘟疫除了鼠疫，天花疫情也非常嚴重。
明末鼠疫和天花大流行時期，相對於鼠疫，女真更害怕天花。女真每次作戰，都要避開天花肆虐的夏天，每次作戰還必須選擇天花遴選過的將領，天花疫情決定著女真的排兵佈陣和對外政策，比皇太極的命令還管用。
明朝時期發明了痘衣法、旱苗法、水苗法等治療天花，但風險大，極易引起更大規模傳染。
現代的牛痘接種法可完全防治天花病毒。
牛痘病毒是由牛的天花病毒引起牛產生輕微牛痘病灶的病毒。人若感染該病毒，只會產生輕微不適，併產生抗牛痘病毒的抵抗力。人接種牛痘疫苗後，可以獲得抗天花病毒的免疫力。
來青軒會議室。
朱由校端坐首位，徐光啟、李之藻、程衝鬥、石敬巖、王昇、曾鯨、金谷生、王宏卿、張玉珂、閔齊汲、淩濛初、凌義渠、王徵、孫元化、焦勖、宋應升、宋應星、呂天成、徐上瀛、徐霞客、茅元儀、王富貴、曹化淳、劉若愚人位列左右。
王承恩、王春夏、王秋冬、王冰清、王冰玉、王國興負責端茶倒水，提供會務服務。
“諸位老師，今日召集大家在此，首先申明一下，以後不要再叫本宮神醫，那個治療雀矇眼的方子是本宮偶然在一本古書裡面發現的，沒想到還真管用。還真應了那句話，書中自有黃金屋，書中自有顏如玉，多讀書真沒有錯。”
朱由校看著眾人繼續說道：“現在給咱們幹活的老百姓越來越多，這麼多的老百姓聚集在一起，沒有專職的醫療保障隊伍可不行。本宮準備籌建一支專業的醫療隊伍，為咱們的民工大軍進行醫療保障的同時，系統研究總結咱中華的醫學。成立醫學研究部，培養更多的醫療人才。”
“今天召集大家到此，就是希望集思廣益，讓大家推薦大明的醫學人才，並想辦法將他們邀請到來青軒來工作。”
“殿下，下官認為此舉是利國利民的大好事，下官必定全力配合。”徐光啟率先站出來支援道。
“下官附議
