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城池堅固、防禦嚴密，不易攻取。一旦久攻不下，各地的元朝援兵趕來，自己就會處於四面受敵的境地。所以他提出方案，要先取山東，撤去大都的屏障；再回頭攻下河南，剪斷元軍羽翼；最後攻下潼關，佔據門戶。這樣大都周邊幾個方面的控制權就都可為自己掌握，這時再攻打大都，便可萬無一失，然後再向西進取，屆時雲中、九原和關隴等地也都可以迅速攻取。
部將們紛紛贊成朱元璋的意見，此後形勢的發展也證明了他的正確。隨著時間的推移，山東、河南等地先後被攻克，至元二十八年閏七月，元順帝帶著一部分王公貴戚和官員軍隊從京城的北門逃往上都，八月，大都城終於被徐達等人攻下。在此之前的幾個月，朱元璋已經平定了南方大部分地區，他認為統一整個中國只是時間早晚的問題，所以決定稱帝，建立自己的王朝。
公元1368年正月初四這一天，朱元璋登皇帝位，建都在今天的南京，建元洪武，大明王朝將近三百年的統治從此開始。
建國之後，朱元璋最關心的事情就是加強中央集權統治。元朝時各地的統治機構叫做行中書省，掌管各地的軍、民、財政事務，職權過大。朱元璋改變了元朝的做法，他在各地分別設立都、布、按三司，即掌管軍政的都指揮使司、掌管民政的布政使司和掌管司法的提刑按察使司，使得三方面的管理機關各自獨立，分別直接由中央統轄，這樣就把地方上的事務管理權統統收歸中央所有，大大加強了皇朝權力。
後來朱元璋又藉著清除胡惟庸勢力的機會，撤掉了丞相和中書省的設定，提高了原處於中書省之下的吏、戶、禮、兵、刑、工六部的地位，讓他們分別掌管一部分國家事務，從此不再設丞相，把國家大家全都掌握在自己手裡，成了歷史上權力最大的皇帝。
除此之外，朱元璋還對軍事機關、監察機關和各種經濟、法律制度等進行了重大改革，約束了宦官、后妃和外戚的權利，提倡樸素簡單的文風，建立起一個高度中央集權的國家。但這是以皇帝本人極度的勤政工作為前提的，後來明朝的大多數皇帝都不可能像朱元璋這麼勤奮，所以他創下的制度到後代皇帝手裡就發生了很大變化。
新皇帝與舊貴族
朱元璋奪取天下，建立了明王朝延續幾百年的政權，是中國歷史上最有作為的政治人物之一。與此同時，作為一位頗有識人之明與容人之量的英雄人物，他對於當時其他的豪傑之士也懷著欣賞與敬佩之情，比如與他對峙很久的擴廓帖木兒就是最令他佩服的人物。
擴廓帖木兒本名王保保，是元末名臣察罕帖木兒的外甥，後來被他收為養子。至正二十二年時察罕帖木兒在益都被殺，擴廓帖木兒承襲其職，從此就成了朱元璋的對頭。交戰多年，朱元璋始終未能使擴廓帖木兒臣服，卻也欽佩他的才能與意志。有一次朱元璋派曾經與擴廓帖木兒同為元將、如今卻已經歸順自己的李思齊前去勸降他，結果見面時擴廓帖木兒對李思齊禮遇有加，分別時卻派騎士將他送到邊界處，告訴他要留下一隻手臂作紀念，李思齊也是個好男兒，既然知道不可避免，只好砍下一隻手臂交給騎士，回來後不久便重傷而死。
雖然這樣，朱元璋卻越發敬佩擴廓帖木兒。後來他曾經與部下談論起誰是自己心目中的天下奇男子，別人都猜測是早逝的常勝戰將常遇春，但朱元璋說，常遇春雖然勇猛，卻是自己的部下，而擴廓帖木兒卻始終沒有臣服於他，所以更令他心折。在金庸的小說《倚天屠龍記》中也曾有擴廓帖木兒出場，但關於其妹趙敏的情節卻是虛構出來的。事實上王保保確實有一個妹妹，當他逃回和林時，許多家屬都被明軍俘獲，朱元璋就讓自己的第二個兒子秦王娶了王保保的妹妹為王妃。雖然他一心要結交擴廓帖木兒，但直到洪武八年時擴廓帖木兒病逝，朱元璋始終未能如願。
朱元璋有個很突出的特點，就是比較重視對手的出身，這大概和他自己出身貧寒有一定關係。而且由於他自己也曾經是元朝的子民，所以對元朝的皇族和名臣後裔也很重視。比如成吉思汗時期名將木華黎的後代納哈出，雖然他與朱元璋打交道時先降後反，後來又佔據遼東久為邊患，但朱元璋卻始終對他很客氣，終於想方設法勸其投降。這裡當然不乏籠絡人心的因素，但“名臣之後”這一背景也確實對他產生了很大影響。
明朝初年時大軍北征蒙古，抓回了元順帝的孫子，有人勸朱元璋行獻俘典禮，但他卻覺得這樣對待前朝君主的後代太不忍心，堅決不答應。有人對他說唐朝開國時也曾經舉行過獻俘典禮，他卻說那是處理王世充的方式，如果是對
