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黑魂山的一切都被方舟恢復到原樣，包括城市中的怪物，還有魂火製造出來的深淵監視者。
他帶著阿雅，桂妮薇婭，趙飛雁三人，使用地遁術，回到百年之後。
這期間，時不時有一些修仙界的人進入黑魂世界，然後被深淵監視者獵殺，被魂火變成不死者。
百年後，凌霄月也出現了，此時她才先天境而已，並沒有發現方舟在暗中監視。
凌霄月偷走了火焰聖劍的劍鞘，這是方舟製造出來的山寨版，並沒有正版的威能。
不過正版劍鞘只有在阿雅的手中才能發揮出作用，在凌霄月手裡只是一件精美的物品而已。
凌霄月在山寨版的阿雅的追殺下逃離了黑魂世界。
過了一段時間，又一個方舟的熟人出現了——夜鼠。
他誤入黑魂世界，最終實在一群大光頭手中，被魂火變成不死人，專門坑老鄉。
如此又過了十幾年，剛剛晉升先天沒多久的方舟終於出現了。
方舟躲在暗中，看著過去的自己，護火教斷裂的聖劍已經被他放置到原先的位置上。
一切如歷史的軌跡前進，先天境的方舟一舉一動都沒有出現偏差。
這個時候就需要趙飛雁出場了。
趙飛雁按照方舟灌輸給她的記憶，神魂在方舟的幫助下從肉身中脫離出來，附身在半截黑色斷劍中。
先天境的方舟剛剛解決完一群大光頭，得到了黑色斷劍，就被趙飛雁的神魂拉入神魂之境中，引誘他去法蘭要塞尋找另外半截斷劍。
方舟和夜鼠穿過冷冽山谷，碰上了山寨版的阿雅。
隨後他進入到法蘭要塞中，被深淵監視者追殺，不得已使用核平術逃跑，瀕臨死境。
當方舟進入到地下三層時，就輪到桂妮薇婭登場了。
桂妮薇婭守著希望之火的餘燼，並且將餘燼的力量送給方舟，藉助他的手，將餘燼送入到山寨版的阿雅手中。
然後趙飛雁再度登場，將自己御劍術的心得和經驗傳授給方舟。
得到幫助的方舟殺死了深淵監視者，尋回兩截斷劍，並且將山寨版的阿雅帶走。
這個山寨版會代替正版，一直在過去的歷史中迴圈往復。
一個月後，方舟離開了黑魂世界。
不過他剛剛離開，又一個方舟出現了。
這個方舟是來黑魂世界尋找九陽丹最後一種材料的。
趙飛雁和桂妮薇婭再度登場了。
趙飛雁扮演一個死人，神魂再度從金身中脫離出來，與金丹境的方舟交談後，任由他帶走自己的金身。
桂妮薇婭則是扮演先知的角色，將方舟和阿雅引導到數千年前的歷史。
當金丹境的方舟和阿雅使用地遁術離開後，躲在暗中的方舟鬆了口氣。
未來沒有改變，意味著他成功騙過了幾個觀察者，讓歷史的事實得以重現。
黑魂世界的文明卻被方舟拯救下來，被他收入煉仙城的人口接近千萬，這足夠他們重建文明瞭。
趁著海市蜃樓還沒有消失，方舟和阿雅來到入口處。
桂妮薇婭和趙飛雁已經進入煉仙城中，桂妮薇婭不打算出來，趙飛雁現在是個“已死之人”，以後不能暴露在長空和秦筠竹面前。
她對煉仙城也神往已久，跟著桂妮薇婭進入到裡面。
阿雅回頭看了一眼黑魂世界，這個故鄉已經凋零，也被徹底的放棄，日後就算阿爾託莉雅她們從煉仙城中出來，也不會重返這個地方。
所以現在告別，就相當於是永別了。
阿雅默默看了一會後，與方舟進入海市蜃樓中，返回到修仙界。
回到天劍宗的後山禁地，方舟還要再使用地遁術，回到他結出金丹後的時間點上。
從後山禁地出來，看著熟悉的雲海群山，方舟有種離別多年後回家的喜悅。
在這個時間點上，他只不過是離開了一會，但是他在過去的時間中足足待了數十年。
離開時是金丹，回來後卻已經是神魂境，站在了現在修仙界的。
方舟的神識在整個雲海群山一掃而過，一切事物都是纖毫畢現的呈現在腦海中。
“是哪位道友前來天劍宗做客？”
伴隨著傳音，初代劍靈蘇以南的身影驟然出現在方舟面前。
她的表情頗為嚴肅，好端端在家裡坐著，忽然感覺到有一位神魂境的神識肆無忌憚的在雲海群山掃過。
