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儘管修仙界一直秉持著共同探索、和諧發展的理念來對待玉簡中的秘密，然而隨著時間的推移以及各門派對於力量愈發迫切的追求，圍繞著玉簡秘密還是不可避免地滋生出了諸多紛爭。
起初，紛爭只是在學術層面悄然萌芽。不同門派的長老和學者們對於玉簡中部分功法神通的解讀出現了較大的分歧。比如，關於一種能同時融合多種屬性靈力發動強力一擊的神通，有的門派認為應當先以土靈力為根基，穩固靈力架構後再依次融入其他屬性靈力，可另一些門派卻堅稱應以火靈力作為主導，憑藉其爆發力來牽引其他靈力融合，雙方各執一詞，互不相讓。學術研討會上，常常因為這樣的爭論而氣氛緊張，原本友好交流的場面逐漸被激烈的辯駁所取代，甚至有時會不歡而散，使得門派間原本融洽的關係出現了一絲不易察覺的裂痕。
而在法寶煉製方面，問題也愈發凸顯出來。那些借鑑玉簡秘密研製出的新型法寶，因其獨特的功效和強大的威力，成為了各門派競相追逐的物件。一些小門派覺得大門派仗著自身資源豐富、人才眾多，在新型法寶的研製過程中佔據了太多優勢，將原本屬於整個修仙界共享的知識據為己有，只想著壯大自身門派，對他們這些小門派的發展卻不管不顧。於是，小門派聯合起來，要求大門派公開法寶煉製的關鍵細節以及所涉及的玉簡核心秘密，大門派自然不肯輕易應允，畢竟這也是他們耗費大力人力物力研究出來的成果，雙方僵持不下，矛盾逐漸升級，私下裡的摩擦也越來越多。
更有甚者，部分心懷不軌的勢力盯上了那些尚未被完全解讀出來的玉簡秘密，妄圖透過不正當的手段獨佔這些機密，進而掌控整個修仙界。有一個神秘的組織暗中派出高手，潛入那些對玉簡研究較為深入的門派，偷竊記載著關鍵研究成果的典籍，甚至不惜對知曉重要秘密的修士下毒手，一時間，修仙界人心惶惶，各門派不得不加強戒備，增派人手守護自家的機密之所，往日祥和的氛圍被打破，籠罩上了一層緊張與猜忌的陰霾。
在探索與玉簡相關的上古遺蹟時，紛爭也同樣激烈。一處據傳藏有玉簡中後續功法延伸內容的古老洞府現世，訊息一經傳出，各方勢力蜂擁而至。原本應該有序合作、共同探索的場面並沒有出現，反而是各門派為了爭搶進入洞府的先機，在洞口就大打出手。各種神通法寶齊出，靈力光芒交織閃耀，震耳欲聾的轟鳴聲迴盪在山谷之間，不僅使得許多無辜的低階修士受傷，還破壞了洞府周圍不少的禁制與防護，導致洞府內原本穩定的靈力環境變得紊亂不堪，一些珍貴的線索和寶物也因此受到了損害，令眾人惋惜不已。
面對這些愈演愈烈的紛爭，修仙界的一些德高望重的前輩們心急如焚，他們多次出面召集各門派掌門進行協商調解，苦口婆心地勸說大家要以大局為重，莫要因一時的利益和意氣之爭，破壞了修仙界長久以來的和平與團結，重蹈上古仙魔的覆轍。然而，在巨大的利益誘惑和對力量的渴望面前，部分門派雖然表面上應和，可暗地裡依舊我行我素，紛爭依舊在暗中持續發酵，彷彿一顆隨時可能引爆整個修仙界的炸彈，讓所有人都憂心忡忡，卻又一時找不到妥善解決的辦法，只能眼睜睜地看著局勢朝著越發糟糕的方向發展......
