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由於在合併前，兩個軍事部門中的官員全部都是文官，沒有武將，而且這些文官全部都是不懂軍事，嚴重影響了東宋軍隊戰鬥力的提升和發揮。於是，段智鳴把合併到一起的軍事部門中所有負責帶兵打仗但又不懂得軍事的文官全部都換成了擁有豐富的軍事作戰經驗和良好才能的武將。當然了，像一些特殊的職位，但又不會影響武將帶兵打仗，段智鳴則還是讓文官繼續擔任。畢竟這些特殊的職位，武將根本就擔任不了，只有文官才能擔任。
另外，東宋從立國開始到現在執行了這麼長時間的重文輕武的國策，不但嚴重限制了軍隊戰鬥力的提升，同時還讓東宋上下瞧不起軍人，使得那些要為官的人只願意去當文官，而不願意去當武將。從而讓那些有著非常好的軍事才能的人為了自己的前途，都不願意進入軍隊，讓軍隊失去了很多軍事人才。
為了給東宋的軍隊充實軍事人才，進一步提升軍隊的戰鬥力。段智鳴又下令，組建軍事學院，並從軍隊中挑選一些有著豐富的作戰經驗的武將進入組建的學院裡擔任教員，來為東宋的軍隊培養軍事人才。
在封建社會中，軍隊根本就沒有專門培養軍事人才的學院，只能在作戰過程中慢慢的發掘人才。歷朝歷代都是這樣，從而使得軍隊無法擁有自己所需要的軍事人才，這也是封建社會的軍隊比不上現代社會軍隊的原因之一。
段智鳴組建軍事學院的事情一公佈，整個東宋就炸開了鍋。畢竟東宋所有的人都沒有想到，段智鳴居然要組建一個專門培養軍事人才的學校。他們都認為段智鳴設立這種培養軍事人才的學校，完全就像小孩玩過家家一樣。尤其是武將，他們認為打仗不同於唸書。在戰場上，什麼樣的情況都是有可能發生的，所以對軍人的要求是要機智靈活，要殺伐果斷。而不是墨守成規，猶猶豫豫的。並且從軍事學院裡面出來的軍人因為在學院裡面讀了太多的書，書生氣太重，不管做什麼事情都會墨守成規、猶猶豫豫，不能殺伐果斷和機智靈活，已經失去了做為一個軍人的基本條件。要是讓從軍事學院裡面出來的人進入軍隊來帶兵打仗的話，只怕會降低軍隊的戰鬥力，讓軍隊在戰場上全軍覆沒。
於是，朝堂中所有的人，紛紛上書請求段智鳴收回設立軍事學院的旨意。
但段智鳴沒有同意，他對那些反對自己設立軍事學院的人說道：“既然你們認為組建培養軍事人才的學堂不但無法提升軍隊的戰鬥力，相反還會降低軍隊的戰鬥力，那我們就讓事實來說話；如果這些從學堂裡面出來的人可以增強軍隊的戰鬥力，那麼你們以後就不許在說什麼裁撤培養軍事人才學堂的事情；要是這些從學堂裡出來的人不能增強軍隊的戰鬥力，相反還會降低軍隊的戰鬥力，那朕二話不說，立馬把這個專門培養軍事人才的學堂裁撤掉。”
此話一出，那些反對段智鳴組建軍事學院的人也就沒有在說什麼了。因為事實勝於雄辯，到時候不管事實是什麼樣，都不會再有人為此爭論不休了。
其實段智鳴設立軍事學院還有一個原因，就是要讓軍隊中的那些武將能夠文武雙全。因為封建社會的軍隊中，上至將帥，下至士兵，絕大部分人都是沒有文化的，或者是文化不高的人。這一點對於軍隊來說是非常致命的。要知道，一個軍人，尤其是帶兵打仗的將帥，如果沒文化，那他就不能提高軍隊的戰鬥力，甚至在戰場發生不利的情況時，也就無法將其解決。
另外，因為東宋重文輕武的國策，使得軍人的地位非常的低，不但軍隊計程車氣不怎麼高漲，就連招兵的工作也受到了很大的影響。雖然段智鳴已經廢除了那些重文輕武的國策，但這樣的現象卻沒有始終根除。為此，段智鳴決定和三法司、兵部以及東宋軍隊中的高階將領召開會議，制定一些列保護軍人利益的法律法規和加強對軍隊正面的宣傳。用以提高軍人在東宋的地位，加強軍隊計程車氣以及讓招兵工作順利開展。
段智鳴按照現代社會中的軍事法律為基礎，和三法司還有軍隊的高階將領制定了一系列符合東宋國情的軍事法律，並派人對軍隊的榮譽大肆的宣傳。這些保護軍人的軍事法律一出臺，加上段智鳴對軍隊的宣傳，使得軍人在東宋的地位也陡然攀升，所有的人都改變了對軍人的看法，不在歧視軍人以及認為軍人是很低下的，他們對軍人產生了敬畏之心還有尊敬。同時，招兵工作也因此順利的開展，好多原來不願意當兵的人都開始踴躍的報名參軍。
差不多過了五六個月，段智鳴把東宋除禁軍外的所有軍事部門全部都改革了一番，使得東宋所有的軍隊煥然一新，戰鬥力也慢
