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，於是帶著自己的軍團向著千年獸發起了攻擊，妄圖搶奪黑暗之王的位置。
千年獸停止進攻我們，開始鎮壓叛亂。就在他們打得不可開交的時候，我和世界樹開始了反攻。雖然千年獸他們的內訌消耗了不少的實力但是剩下的還是很強大的。
這場戰役的最終結果是我們將魔王型數碼獸和其他叛亂的數碼獸被監禁在黑暗區域之內。這裡成為了最危險和邪惡的數碼獸的監獄成為惡魔或墮天使數碼獸，很多魔王都處在被封印在了這裡。當數碼獸被冠以七大魔王之名的數碼獸葬送時，他們的資料不會輪迴轉生，而是送往黑暗區域的中心，化為魔王們的血肉。而這裡也逐漸形成了自己的體系誕生了其他許多惡魔類的數碼獸。黑暗區域的中心作為由其貴族帶領的惡魔般數碼獸的巢穴。大多由貴族帶領的軍隊被稱作“噩夢軍團”。
千年獸在最後的時刻雖然重傷但是卻成功的逃進了“黑暗之海”，那是由無數的病毒型數碼寶貝死亡後的怨念形成的邪惡區域。我們的力量在封印了那些魔王數碼寶貝後已經所剩無多了，黑暗之海太大了而且黑暗之海不是我們可以生存的，在那裡我們需要用力量來抵禦黑暗之海的侵蝕。所以我們根本沒用足夠的力量在黑暗之海尋找千年獸。所以我們只能在黑暗之海佈下封印，然後在留下一個勇者獸的分身在那裡監視就就全體返回了數碼寶貝世界。
雖然打敗了千年獸的進攻但是我們的損失也是非常大的，世界樹和十三皇家騎士團的力量幾乎所剩無幾，而我們的本源—勇者獸的本體在最後爆發了全部的力量才重創了千年獸讓我們贏得了這場戰爭的勝利。勇者獸也受了重傷恢復全盛遙遙無期。
然而這一切還沒有結束，黑暗區域的千年獸雖然戰敗了但是那裡還有很多的黑暗數碼寶貝。黑暗之海對數碼寶貝世界還在不斷的侵蝕。而我們的高階力量幾乎損失殆盡。
在這個關鍵的時候，世界樹犧牲了自己化為火牆抵擋了黑暗區域的侵蝕。封上了黑暗區域通向數碼寶貝世界的大門。
數碼寶貝世界在經過了多年的戰爭已經頻臨崩潰的邊緣於是世界樹分化出了聖石，以此穩固數碼寶貝世界。而十三皇家騎士也將自己化為了本源力量附在聖石上來穩固數碼寶貝世界。世界樹在最後留下了一段資料在數碼寶貝世界，這段資料吸收了資料散佈在數碼寶貝世界，他們自稱為代理者—代理世界樹管理數碼寶貝世界。他們防禦外來的侵略，維護數碼寶貝世界的正常運轉，將一些不該存在的資料清除掉。
我們和代理者透過這場戰爭意識到人類世界對於數碼寶貝世界的影響實在是太大了，我們需要將數碼寶貝世界脫離人類世界的影響。於是我們制定了計劃，準備將數碼寶貝世界升級為物質的世界不再受人類世界的影響。
雖然我們想要快速的升級數碼寶貝世界但是這不是一個短時間可以實現的事情，而且這還需要龐大的能量我們能量不足以支撐這個計劃。就在我們一籌莫展是千年獸甦醒了並且跟我們談了一個交易。
他說他可以提供數碼寶貝世界升級說需要的能量，但是他的力量都是黑暗的所以他提出可以由他來控制數碼寶貝世界從而用黑暗力量來完成升級。
但是他提出的這個計劃不是我們可以接受的，由千年獸來控制數碼寶貝世界是不可能的。但是我們也拿不出這麼多的能量，所以我們必須用黑暗的力量來完成，因為我們不敢想像在這個時間段里人類世界還會向數碼寶貝世界投入多少的病毒。所以我們最後達成了協議：由千年獸派遣魔王控制數碼寶貝世界但是力量不能超過究極體，用黑暗的力量完成數碼寶貝世界的升級。但是我們需要力量來牽制魔王。
就在這個時候，在人類世界的網路裡產生了一個數碼蛋，落在你們家裡。而你和嘉兒在短時間裡將這個數碼蛋進化為了成熟期。我們從你們的身上看到了人類對於數碼寶貝的重大意義，於是我們相當藉助你們的力量了，制定了一個計劃—神聖計劃。
第五十二章 歷史—四聖獸和極惡魔王
自從我們在你和嘉兒身上發現人類徽章對於數碼寶貝促進後，我們就著手開始分析你們的資料。我們本來因為能量的不足而擔心，但是你們的身上擁有巨大的能量。我們假意答應千年獸的要求，一邊加緊分析你們的資料希望可以找出原因。這樣就可以不必依靠千年獸了。畢竟我們對千年獸從來不信任，而千年獸對我們也是如此。當初我們和千年獸之間的交易，說實話誰都沒有真的相信對方會真的履行。
但是我們在分析了你們的資料後發現你們有一個
