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日本使節團領頭的還是老熟人川路聖謨，自從川路聖謨在與太平天國接觸後向幕府上了著名的《川路狀》後，日本幕府一直和太平天國保持了友好關係。在太平天國和俄國長達八年的遠東北疆衝突戰事中，日本一直保持和太平天國的一致步調，很多日本武士被徵召隨同太平軍出征，共同與俄國人作戰。
雖然透過抱太平天國的大粗腿，日本一改被俄國壓迫的現狀，取得了不少好處，但總體上還是被列強欺壓的狀況並未改善，而太平天國在結束英法俄戰爭之後，似乎也站在列強一邊一同欺負日本。在這種情況下，國內的倒幕派也喊出了效仿太平天國的口號，將洪韻兒師夷長技以制夷的口號改了改，稱作尊王攘夷，他們希望能向太平天國那樣，發動起義結束國內軟弱的幕府，然後與列強對抗，希望能發生太平天國那樣的奇蹟，戰勝強大的列強，從而使日本一躍成為東方強國。
自從1853美國以武力脅迫日本開國以來，日本與俄、英、荷等國都簽署了開國的條約，日本閉關鎖國的體制崩潰。1858年幕府大老井伊直弼迫於外國壓力，不待天皇敕許，逕自簽訂《日本國美利堅合眾國修好通商條約》，主張攘夷的某些藩主和志士透過與幕府有矛盾的公卿策動天皇下詔，拒不批准簽約，宣揚尊王攘夷。
1858年10月至1859年，幕府在京都、江戶等地大肆逮捕尊王攘夷派志士，造成安政大獄。1860年攘夷派的水戶、薩摩兩藩的18名浪士為安政大獄的被害者復仇，刺殺大老井伊直弼於江戶。史稱櫻田門外之變。
尊王攘夷運動的中心在長州藩，領袖有吉田松陰及其門生高杉晉作、久坂玄端等。尊王攘夷派的成員有各地的下級武士、鄉士、豪農豪商、村吏、神官、國學者以及公卿中要求改革幕政或與幕府有矛盾的人物。1862年底至1863年初，尊王攘夷派策動天皇下詔，令幕府定期宣佈攘夷，廢約、閉港、驅逐外國人。當然這當中並不包含與日本常年通商的中國人。1863年1月31日，高杉晉作等火燒英國公使館。6月6日，幕府被迫答應天皇，定於6月25日開始實行攘夷。6月24日幕府通告各國公使將關閉港口。
1863年6月25日及7月8日、11日，長州藩炮臺先後炮擊透過下關海峽的美國、法國、荷蘭船隻。在此之前，日本從中國進口了不少先進的火炮。特別是長州藩這些倒幕派的藩主們，更是從中國大量進口了太平軍裁汰下來的各種火器和火炮，因此日本倒幕派的武裝力量大大增強，也更加堅定了他們武裝倒幕的決心。於是在下關炮轟列強艦隊的戰鬥中，倒幕派取得了一些戰果。列強艦隊準備不足因此暫時敗退。
7月16日、20日美法軍艦先後攻打下關，進行報復<script type="text/javascript">reads();</script>。此時，高杉晉作組織了效仿太平軍編練的新式軍隊——奇兵隊，防守下關，戰鬥很激烈，但高杉的軍隊還是暫時守住了下關。
由於戰火波及了日本整個海域，因此太平天國也藉口保護商路和僑民派遣艦隊來到日本。原本日本倒幕派認為太平天國來是幫助自己的，但很可惜。太平天國從始至終都是支援幕府的，因此很快太平天國的艦隊也加入到列強的艦隊中，一起對付倒幕派。其實原因很簡單。倒幕派的活動已經影響了中日正常貿易，作為東亞列強的太平天國當然要武裝干涉。
8月15日，中英兩國聯合艦隊共27艘戰艦進攻薩摩藩，薩摩藩主屈服，轉向公武合體（皇室公卿與幕府及各藩的聯合）。1863年9月30日，各國聯合操縱的幕府勢力與公武合體派在京都發動政變。趕走三條實美等倒幕七卿，大肆迫害尊王攘夷派。
到了1864年8月19日。久坂玄瑞等率長州藩兵入京都，與幕府操縱的京都守護軍激戰。久坂玄瑞等戰敗自殺。8月24日，幕府在太平天國駐日使館的授意下，策動天皇下詔，以追究禁門之變為由發動第一次征討長州藩的戰爭。英、中、美、法、荷五國聯合艦隊也於9月5日再次進攻下關，長州藩在內外夾攻下失敗，對幕府屈服，保守勢力重新掌握藩政，高杉晉作等被迫逃亡。
鬥爭的失利使尊王攘夷派重新考慮戰略，1865年春，高杉晉作再度舉兵，主張開港討幕，不再提攘夷，意思就是承認各國在日本的商貿利益，但仍舊準備推翻幕府。至此，尊王攘夷運動向武裝倒幕轉化，並與薩摩藩結成秘密軍事同盟。與此同時，英國也權衡利害，改變策略，援助倒幕派。而太平天國則認為一個混亂的日本更
