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太多。隨後的幾級編制中都存在這樣的問題，原因就是太平軍編制是五五編制，五卒為旅，五旅為師，五師為軍。
在蕭雲貴看來既然太平軍正在向熱兵器軍隊過渡，因此這次整編需要連同軍隊編制一起進行改變，改變成更加適合熱兵器作戰需要的三三制。
軍隊體制編制“三三制”,最早起源於英國將軍漢密爾頓爵士依據軍事組織的歷史得出的結論。他認為基層軍隊管理幅度應在三至六人之間,三人將使一名軍官相當忙碌,而六人也許要一天工作十小時。他論述道:“我們越是接近整個組織的最高司令,就越是應當按三人一組進行工作,我們越是接近整個組織的基層(戰列步兵),就越是應當按六人一組進行工作。”他的這個理論影響甚大,英國的軍隊體制依此按“三三制”編制。隨後，蘇聯等國均採用此編制。
三三制在熱兵器軍隊興起之初得以廣泛運用還有一個重要的問題就是戰場通訊問題。冷兵器是聽鼓聲而進，看令旗為伍，聞號炮為令，簡單的一些指令兵卒可以根據這些來服從命令。而熱兵器軍隊就不同了，就像一個簡單的排隊槍斃就需要整個戰線計程車兵統一動作，統一發揚火力。因此在熱兵器戰爭中，一個軍官指揮幾個士兵才不會忙中出錯呢？漢密爾頓爵士已經找到了答案。
當然三三制在現代已經不適用了，因為現代戰爭的通訊手段改變，每個單兵的通訊裝備都很好，一個軍官可以指揮更多計程車兵，因此現代軍隊的編制更趨於靈活。
第三消除幫派則是蕭雲貴的一個很重要的整編理由，明面上是消除軍隊裡的幫派山頭，實則蕭雲貴是要打破太平軍中兵為將有的現狀。就像李秀成部、林啟榮部、林鳳祥部等等，他們的手下部將越來越多的成為各部將領的親信，蕭雲貴不希望看到今後自己指揮不動軍隊的情況發生。因此他必須打破這種局面，牢牢的把軍隊抓在自己的手中。
雖然說李秀成、林啟榮、林鳳祥這些人對自己都是忠心耿耿的，但歷史上的忠王不也是經常不聽天京方面的將領麼？蕭雲貴需要透過整編部隊來打散原來的格局，西殿太平軍的將領今後將實行輪換。
同時軍隊裡現在也的確是幫派林立，什麼天地會、什麼小刀會、什麼廈門義軍、什麼青浦義軍，士兵們喜歡按照原來的幫派拉幫結夥。蕭雲貴不能容忍這些舊有的幫派勢力滲透自己的軍隊，整編就是最好的手段。
然後就是幾個軍隊制度的改變，其一是典官制度的改變，今後隨軍典官將正式改名為教導官，他們除了教士兵識字之外，最重要的作用就是掌握士兵的思想，時常給士兵們洗腦。教導官將單獨由講武學堂的政治司培養，政治司的司長是王闓運，這也是蕭雲貴一個重要舉措，他不希望軍隊指揮政府，而是政府指揮軍隊。
其次便是參謀制度和後勤制度的改革，從前的將領眉毛鬍子一把抓，既要籌劃打仗，又要管後勤，不但非常的累，而且一不小心就會犯錯。參謀制度和後勤制度的引入就很好的解決了這個問題，作戰參謀要負責制定行軍、繪圖、駐紮、戰術等計劃，提供給將領參考，大大減輕將領的負擔，同時人多也會避免單人思考不周而犯錯。後勤制度則是軍隊供需完全不由一軍將領掌握，完全由後勤司來掌管，將領不必再為軍械錢糧而苦惱，後勤司會安排好一切。
這樣一來，就會進一步削弱一個將領在一支軍隊中的作用，也保證一軍將領出什麼意外的時候，整支軍隊也不會因此混亂，參謀部和副官們還是會繼續運作，把部隊帶好。同時，這也讓蕭雲貴緊緊抓住軍隊的想法更趨牢靠。
最後的學新戰術也就是透過整編，讓各級軍官，基層士兵重新操訓，從而熟悉和掌握全熱兵器的作戰方法。
這次整編蕭雲貴和西王府上下、軍中各級將領都計劃了好久，雖然各種可能出現的情況都有解決方案，但畢竟軍隊是蕭雲貴和洪韻兒保命的命根子，因此軍隊的改革不像新政改革那樣，蕭雲貴必須親自坐鎮。
