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西王府除去兩丞相、六部和六部所轄的三十六司之外，還有四個特殊的衙門和司部是直接隸屬西王娘管轄的。一個是洪韻兒早就管著的詔書衙，一個是女事館，一個輿宣司，還有一個是醫務司。
詔書衙所管之事也就是負責刊行西殿各種法令、文ww.籍，也負責民間各種書籍的刊行稽核，也就是西殿控制民間輿論的一個重要舉措。因為洪韻兒非常喜歡書籍的緣故，詔書衙暫由洪韻兒親領，其下有傅善祥、李璇璣等才女襄助。
女事館也就是管著西殿女營、女館等婦女之事，也是由洪韻兒帶著傅善祥、李璇璣、楊冬青等諸女執管。
輿宣司則是由王利賓任司長，職同檢點，就是負責開辦報紙，控制民間輿論，也負責各種宣傳之事。
最後的醫務司由姚遠出任司長，也就是負責蘇褔省的各種醫療、醫館和軍醫之事。
另外還有兩個部門也是由西王直接管理，一個便是新成立的情報司，由錢江主管，職同檢點；另一個是童強勝的白澤堂。情報司是西殿明面上的情報機構，除了負責探聽情報、收集民間訊息之外，還負責秘密監察百官，他們的職司和刑部監察司不同，他們只負責收集百官的情報，並沒有斷處和拿人的權力。而白澤堂則好像西殿秘密jing察部隊一樣，除了刺探情報之外，還幹著一些見不得人的勾當，比如刺殺、造謠等等。因為這兩個部門極其要緊，所以也是蕭雲貴直管的。
由於西殿將官中過於偏重武事，武官倒是極多，而文臣終究太少。是以六部中的侍郎很多是由武職轉過來的將官擔任，而六部尚書則全是由文士擔任。
左宗棠為西殿左相，兼著戶部尚書的差事。華蘅芳任禮部尚書還兼著要籌備西殿科學院的差事，原本肖雲貴比較屬意李善蘭出任禮部尚書的，但這老頭潛心鑽研學術。無心出仕，也只得作罷，最後李善蘭答應幫著西殿開辦新式學堂或大學，他來做校長。李開芳轉為兵部尚書，還兼著管轄蘇州區的兵馬，也就是蘇州衛戍司令的意思。
吉文元出任刑部尚書。吉文元為人處事公正、鐵面無私，雖是武職出身，但他在軍中斷處案事，無有不服，出任刑部尚書也算合適，只是他的刑案斷處思路還停留在老舊的封建刑案思路上。講究重刑嚴厲，雖然和蕭雲貴的思路有些不同，但左宗棠呈言此刻正值亂世，之亂時用重典，吉文元的嚴酷正好適合，最後蕭雲貴才定了吉文元出任。
工部雖然有幾個司部還沒有侍郎出任，算是個空架子。但工部尚書是由徐壽出任，蕭雲貴也給徐壽特權，只要是徐壽找來的工學人才，西殿可以破格錄用。歷史上徐壽幫清廷辦的安慶軍械所、江南製造局等等就很有成就，加上徐壽乃是不可多得的工學人才，並無其他腐儒那種對洋人科學視之為奇巧yin技的偏見，讓他出任西殿工部尚書正好。
而吏部尚書則是由李壽蓉出任，無錫的差事蕭雲貴打算讓別人接任，李壽蓉是跟著王闓運、左宗棠等人一道投入自己帳下的，經歷過南京之戰和東征。也算是西殿老人，而且才學不在王闓運之下，出任吏部尚書正合適。
西殿zhongyāng的構架搭好了，餘下便是地方上的官府構架。要想管治好一方，地方政權的建立是非常重要的。太平天國在建國後。改清廷“省、府、道、縣”的行政區劃方式為“省、郡、縣”三級制，即取消“道”，改“府”為“郡”。
蕭雲貴和左宗棠商議後，重新劃定了蘇褔省的地方行政區劃，更改後的蘇褔省省會蘇州，置有10郡70縣。蘇州郡治蘇州，與長洲天縣、吳縣、元和3縣同治一城，領10縣：長洲天縣（由清長洲縣改）、吳縣、元和、常熟（與昭文縣同城治所）、昭文、昆珊（由清崑山縣改）、新陽、吳江、震澤、東珊。
常州郡（清為常州府）治武進、陽湖，領5縣：武進、陽湖（上兩縣同治常州城）、撫錫（由清無錫改為撫錫）、金匱（上兩縣同治無錫城）、宜興、荊溪（上兩縣同治宜興城）、江yin縣。
太瑲郡（改清太倉直隸州為太瑲郡）治上海縣。領5縣：上海、鎮洋、嘉定、寶珊（寶山所改後金珊亦同）、崇明。
松江郡（清為松江府）治花亭、婁縣。領7縣：花亭、婁縣、菁浦（由清青浦縣改）、奉賢、南匯、川沙、金珊。
杭州郡治錢塘、仁和兩縣，領9縣：海寧、錢塘、仁和、富陽、餘杭、新城、臨安、於潛、昌化。
嘉興郡治嘉興、繡水兩縣。領7縣：嘉興、繡水（由清秀水縣改）、嘉善、海鹽、石門、平湖、桐鄉。
